مدل‌سازی شبکۀ‌ ژنی و کاوشگری در برخی از بافت‌های گونۀ گاو با استفاده از داده‌های ریزآرایۀ DNA

Abstract

هدف از این پژوهش، شناسایی ژن‌ها و کاوشگرهای هاب ناشی از ایجاد شبکه‌های بیزی در داده­های بیان ژن و کاوشگری در بافت‌های مختلف گونۀ گاو با استفاده از داده‌های ریزآرایۀ DNA بود. با استفاده از داده­های خام بیان ژن و کاوشگری در هر بافت، ژن‌ها و کاوشگرهایی که عامل بیشترین میزان واریانس بیان ژن بودند، شناسایی‌شده و سپس شبکۀ بیزی، برای آن‌ها برازش داده شد. ژن­ها و کاوشگرهای هاب با استفاده از نسبت فراسنجه­های درجۀ درون و بیرون شناسایی شدند. اندازۀ پوشش مارکفی در شبکه­های مختلف متفاوت بود که به‌احتمال بیانگر وجود زیرساختارهای ساختارشناختی (توپولوژیکی) برای شبکه­های یادشده در بافت­های مختلف است. در روش شبکۀ ژن محور­، در بافت ماهیچۀCBR1 ،LOC788826 ، در بافت پستانیNID2 ، COL5A2، LOC616942،FXYD3 ، در بافت کبدی LOC100132279،MGC127133 ، MBOAT2،CLDN2 ، ANKRD1، در بافت رحم IGFBP1، DGAT2، CKMT1، ISG15، CKMT1 و در بافت تخمدانLOC286871 وINHBA به‌عنوان ژن‌های هاب شناسایی شدند. هم­چنین در روش ایجاد شبکۀ کاوشگر محور، مشخص شد که دو ژن JSP.1 و BOLA-DQB در بافت­های کبد و رحم فعال هستند. ولی این ژن­ها در روش ژن محور در ایجاد شبکۀ ژنی به‌عنوان ژن هاب استخراج نشدند.