تعیین تنوع ژنتیکی باکتری‎ها در شکمبه بز با استفاده از توالی یابی 16S rRNA

Abstract

تنوع ژنتیکی جمعیت باکتریایی در شکمبه بز با استفاده از یک روش مولکولی و مستقل از کشت مورد بررسی قرار گرفت. به دلیل شرایط منحصر به‎فرد تغذیه‎ای و زندگی، این انتظار وجود دارد که بزها دارای جمعیت باکتریایی متفاوتی نسبت به سایر نشخوارکنندگان باشند. در نتیجه درک صحیح این جمعیت میکروبی در نژادهای مختلف بز و بررسی تغییرات آن‎ها در پاسخ به رژیم‎های مختلف تغذیه‎ای و بررسی تنوع آن‎ها در زیستگاه‎های مختلف بسیار ضروری است. از این رو فرآیند PCR و تعیین توالی کتابخانه کلون ژن 16S rRNA با استفاده از یک نمونه مخلوط حاصل از کل محتویات شکمبه مربوط به 12 بز بومی شمال ایران با استفاده از پرایمرهای عمومی برای باکتری‎ها انجام پذیرفت. بزها از گله‎های پرواری تغذیه شده با خوراک مخلوط کنسانتره و علوفه انتخاب شدند. مجموعا 15 توالی 16S rRNA مورد آنالیز قرار گرفت. از این 15 توالی 4 توالی دارای شباهت با <em>Streptococcus bovis </em>بودند و 3 توالی با <em>Selenomonas ruminantium</em> همخوانی داشتند. همچنین 2 توالی شبیه به <em>Megasphera elsdenii</em> بودند و 2 توالی دیگر با <em>Prevotella ruminicola</em> شباهت داشتند. 2 کلون نیز با باکتری‎های کشت نیافته شکمبه گاو شباهت داشتند. از این 15 توالی یک توالی به <em>Lactobacillus plantarum</em> شبیه بود و یک توالی باقیمانده نیز دارای شباهت با <em>Prevotella multiformis </em>بود.این تحقیق برای اولین بار تنوع مولکولی جمعیت باکتری‎ها را در شکمبه بزها در ایران مورد مطالعه قرار داد. بررسی نتایج این تحقیق نشان داد که این حیوانات دارای جمعیت باکتریایی مشابه با سایر نشخوارکنندگان در سایر نقاط دنیا می‎باشند. هر چند که ما توالی‎هایی را نیز جداسازی نمودیم که با میکروارگانیسم‎های شناخته شده در دستگاه گوارش در یک خوشه قرار نمی‎گرفتند که این مساله می‎تواند به علت اختلافات فردی در حیوانات میزبان در حین نمونه گیری، نوع جیره، روش‎های استخراج DNA یا پرایمرهای مورد استفاده برای PCR بوده باشد.