استفاده از آنالیز به روش (Single Nucleotide Polymorphism (SNP به عنوان یک راهبرد بررسی ژنتیکی در مطالعات پاراتوبرکولوزیس در ایران

Abstract

ژنوتایپینگ مایکوباکتریوم ایویوم زیرگونه پاراتوبرکولوزیس (MAP) حتی با وجود دسترسی به تکنیک‌های مولکولی متعارفی نظیر PFGE, RFLP, SSR and MIRU-VNTR همچنان به عنوان یک چالش محسوب می‌گردد بدان سبب که این باکتری از نظر ژنتیکی بسیار یکنواخت و همگن می‌باشد. به نظر می‌رسد که در شرایط امروزی پاراتوبرکولوزیس در سراسر ایران انتشار یافته است چرا که گزارشات مربوط به وقوع بیماری در گله‌های گاو گوسفند و بز بصورت فزاینده در هر سال انتشار می‌یابند. میزان اطلاعات موجود از ساختار جمعیت این باکتری در ایران محدود می‌باشد. یافته‌های موجود حاکی از فعالیت جدایه‌های متعلق به تیپ معروف به گاوی می‌باشند و این در حالی است که تاکنون نشانه‌ای از وجود تیپ گوسفندی در ایران یافت نشده است. در این تحقیق یک سیستم ژنوتایپینگ (Single Nucleotide Polymorphism (SNP متشکل از 13 لوکوس و با اتکا به PCR بر روی یک جدایه بومی MAP اجرا گردید. آزمون به گونه‌ای انجام گردید که از یک پروتکل واحد PCR برای همه لوکوس‌ها استفاده شد. محصولات تکثیر DNA به روش Sanger تعیین توالی شدند. نوکلئوتیدهای هدف تعیین و شناسایی گردیدند. این نوکلئوتیدها بطور کامل با نوکلئوتیدهای هم ارز در ژنوم سویه آزمایشگاهی MAP K10 مطابقت داشتند و هویت جدایه ایرانی را به عنوان جدایه تیپ گاوی نشان دادند. ما معتقدیم اگر روش SNP معرفی شده توسط Leao در مقیاس گسترده در ایران بکار گرفته شود امکان دستیابی به دانش جامع‌تر از اتفاقات و جریانات تکاملی که وقوع آنها وضعیت اپیدمیولوژیک امروز پاراتوبرکولوزیس در ایران را شکل داده‌اند، فراهم گردید.