بررسی بیان ژن و شبکه های ژنی مرتبط با آپوپتوزیس در مرغان حساس و مقاوم به آسیت والدین جوجه گوشتی آرین با استفاده از RNA-seq

Abstract

برنامه‌های به­گزینی روی لاین آرین، بدون توجه به توسعه اندام‌های حیاتی بدن، از جمله قلب سبب شده که این لاین به یکی از لاین‌های بسیار حساس نسبت به سندروم آسیت شناخته شود. از این­رو، این مطالعه با هدف شناسایی ژن‌ها و شبکه‌های ژنی درگیر با آپوپتوزیس قلبی در سلول‌های بافت قلب مرغان حساس و مقاوم به آسیت لاین آرین انجام شد. بدین منظور، دو نمونه حساس و دو نمونه مقاوم استخراج RNA و اطلاعات ترانسکریپتومی آنها با استفاده از توالی‌یابی نسل جدید RNA-Seq بدست آمد. تعیین کیفیت داده و حذف آلودگی آن با استفاده از نرم­افزارهای FastQC و Trimmomatic صورت گرفت. همچنین تفریق بیان ژن با استفاده از نرم‌افزارهای Cuffmerge، Cufflink و Cuffdiff امکان­پذیر شد. 20034 ژن در مجموع نمونه‌ها مشاهده شدند که بعد از جداسازی ژن­های با میزان بیان معنی­دار نمونه­های مقاوم نسبت به حساس، در مجموع 291 ژن با 66 مسیر زیستی مرتبط دانسته شدند، که در این میان، 53 ژن در مسیر زیستی آپوپتوزیس ارتباط معنی­دار داشتند. بررسی فرآیندهای زیستی هستی­شناسی ژن‌های معنی­دار در نمونه­های مقاوم به آسیت برای مسیر زیستی آپوپتوزیس نشان دادند که مسیرهای تنظیم فرآیند سلولی و تنظیم منفی آپوپتوزیس به طور معنی­داری تحت تاثیر آسیت قرار دارند (01/0>FDR). شبکه ژنی ترسیم شده نشان داد که ژن­های MEF2A، FGF10، CDK1 و MAD2L1 دارای بیشترین ارتباط ژنی در شبکه ژنی هستند. بنابراین اصلاح نژاد مبتنی بر این ژن­ها و طراحی دارو ممکن است در کنترل آپوپتوزیس ناشی از سندروم آسیت موثر باشد.