شناسایی مولکولی و تعیین جایگاه تبارزایی ویروس چروکیدگی توت فرنگی (Strawberry crinkle virus) از مزارع توت فرنگی استان کردستان بر اساس بخشی از ژن پلیمراز

Abstract

<strong>چکیده</strong><br /> علایم چروکیدگی و بدفرم شدن برگ در تعدادی از بوته­های توت­فرنگی در مزارع توت­فرنگی استان کردستان مشاهده گردید. با بررسی علایم این نمونه­ها احتمال داده شد که این علایم مربوط به آلودگی نمونه­ها به ویروس چروکیدگی توت­فرنگی (<em>Strawberry crinkle virus</em>, SCV) باشد و برای اطمینان با آزمون RT-PCR بررسی شدند. در کل، تعداد 55 نمونه­ی برگی (دارای علایم و بدون علایم) طی تابستان 1396 از مناطق مختلف استان کردستان جمع­آوری و RNA کل با روش سیلیکا استخراج گردید و سپس cDNA آن­ها با استفاده از آغازگرهای تصادفی شش­تایی ساخته شد. PCR با آغازگرهای اختصاصی SCVdeta و SCVdetb انجام و قطعه­ای به طول 345 جفت باز از ژن پلیمراز SCV تکثیر گردید. نتایج RT-PCR نشان داد که 9/50 درصد از نمونه­ها آلوده به ویروس SCV بودند. به منظور بررسی مشخصات مولکولی و تبارزایی این ویروس، هفت جدایه بر اساس منطقه­ی جغرافیایی، رقم میزبان و نوع علایم انتخاب شده و تعیین توالی شدند. جدایه­های SCV توالی­یابی شده در این تحقیق به صورت یک زیرگروه مجزا در گروه تبارزایی اول قرار گرفتند. میانگین فاصله­ی ژنتیکی در بین جدایه­های توالی­یابی شده در این تحقیق در سطح نوکلئوتیدی 005/0 ± 031/0 و با سایر جدایه­های موجود در ژن بانک 014/0 ± 069/0 بود. مقایسه­ی دوبه دوی توالی­های نوکلئوتیدی نشان داد که بیشترین و کمترین تشابه نوکلئوتیدی به ترتیب میان جدایه SAr6 با جدایه 4MM از آرژانتین (1/95 درصد) و جدایه S26 با جدایه HB-A1 از هلند (5/86 درصد) وجود داشت.این اولین گزارش از شناسایی این ویروس در مزارع توت­فرنگی استان کردستان و اولین گزارش از ردیابی مولکولی این ویروس در ایران می­باشد.<br /> <br /> <br /> <strong> </strong>