آنالیز بیوانفورماتیکی و شناسایی پلی مورفیسم های جدید نوکلئوتیدی اگزون شماره ی 2 ژن Ovar MHC-DRB1 در گوسفندان نژاد بومی قزل

Abstract

هدف از این مطالعه شناسایی پلی­ مورفیسم ­های جدید نوکلئوتیدی در اگزون شماره­ ی 2 ژن MHC-DRB1 است که با ایجاد مقاومت ژنتیکی نسبت به نماتد­های دستگاه گوارشی در گوسفندان نژاد بومی قزل ایرانی در ارتباط است. در این تحقیق از 100 بره­ی نر 4 تا 6 ماهه نژاد بومی قزل استفاده شده بود که بطور­تصادفی از میان 5 گله مردمی در سطح استان آذربایجان­ شرقی انتخاب شده بودند و با استفاده از تکنیک PCR-RFLP پلی­ مورفیسم­ های نوکلئوتیدی مقدماتی و ارتباط آن ها با تعداد تخم ­انگل شمارش شده در مدفوع، بررسی شد. متعاقباً، 4 نمونه محصول PCR از بره ­های هر گله (یک نمونه از هرگله) به­ طور تصادفی انتخاب و توالی­ یابی شدند. نتایج حاصل از توالی­ یابی با سایر توالی ­های نوکلئوتیدی ثبت شده در بانک ژنNCBI برای نژادهای مختلف از سراسر جهان، مقایسه شدند. در نتایج حاصل از بررسی هم ردیفی ­ها، 9 پلی ­مورفیسم جدید (2­جهش حذفی، 5­ جهش جایگزینی و 2­جهش اضافه شدن نوکلئوتید) درتوالی­ های اگزون شماره ­ی 2 ژن MHC-DRB1 در نژاد قزل شناسایی شد. وجود این پلی ­مورفیسم­ های نوکلئوتیدی جدید باعث تغییر توالی­ های آمینو­اسیدی شده و در نتیجه منجر به ایجاد تغییرات در ساختار شکاف اتصال پپتیدهای بیگانه در پروتئین هترودایمریک DR موجود در غشاء سلول­ های ارائه کننده ­ی آنتی­ ژن ­ها می­ شود بطور­کلی احتمالاً وجود پلی­ مورفیسم­ های جدید در اگزون شماره­ ی­2 این ژن باعث تغییر ساختار پروتئین مربوط به آن شده و این موضوع نیز باعث افزایش اعتبار ارتباط بین پلی­ مورفیسم شناسایی شده و صفت مورد بررسی می­ شود.