همسانه‌سازی و بررسی بیوانفورماتیکی توالی رمزگردان (CDS) ژن دلتا 6 دسچوراز از قارچ مورتیرلا آلپینا سویه CBS 754.68

Abstract

<strong>مقدمه:</strong> دسچورازهای غشایی و آنزیم‌های وابسته به آنها نقشی اساسی در بیوسنتز اسیدهای چرب غیراشباع ایفا می‌کنند. دلتا 6 دسچوراز، آنزیمی کلیدی در بیوسنتز اسیدهای چرب غیراشباع است. قارچ <em>مورتیرلا آلپینا</em>، گونه‌ای روغنی و دارای دلتا 6 دسچوراز فعال است و در سال‌های اخیر مورد توجه پژوهشگران قرارگرفته است.<br /> <strong>مواد و روش‏‏ها:</strong> پس از استخراج RNA و سنتز cDNA از قارچ <em>مورتیرلا آلپینا </em>سویه CBS 754.68، ژن <em>دلتا 6 دسچوراز</em> توسط آغازگرهای اختصاصی حاوی توالی کوزاک تکثیر و قطعه تکثیرشده در ناقل همسانه‌سازی pBlueScriptSK<strong>⁺</strong> حاوی پروموتور اختصاصی بذر ناپین درج شد. پلاسمید نوترکیب با استفاده از روش شیمیایی به باکتری<em> اشریشیا </em><em>کلی</em> سویه DH5α ترانسفورم شد. سازه حاصل در ناقل دوگانه pBI121 همسانه<em>‌</em>سازی و برای انتقال به گیاه، به <em>آگروباکتریوم</em> سویه LBA4404 ترانسفورم شد. ویژگی‌های بیوانفورماتیکی ژن موردنظر با سرورهای TMHMM، ProtParam و Psipred بررسی شد.<br /> <strong>نتایج:</strong> درستی همسانه‌سازی با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز توسط آغازگرهای اختصاصی، هضم آنزیمی و توالی‌یابی تأیید شد. تکثیر قطعه 830 جفت نوکلئوتیدی با استفاده از آغازگر داخلی پروموتور ناپین و ژن <em>دلتا 6 دسچوراز</em>، الحاق ژن در امتداد پروموتور ناپین را تأیید کرد. نتایج توالی‌یابی نوکلئوتیدی نشان دادند که توالی نوکلئوتیدی این ژن، 1374 جفت باز است و پروتئینی با 457 آمینواسید را رمز می‌کند. وجود دمین سیتوکروم b5، سه موتیف جعبه هیستیدین، دمین‌های تراغشایی و حفاظت‌شده از طریق بررسی بیوانفورماتیک تأیید شدند.<br /> <strong>بحث و نتیجه‏گیری:</strong> با استناد به نتایج بلاست پروتئینی و تأیید حضور دمین‌های کارکردی، پیش‌بینی می‌شود که توالی همسانه‌سازی‌شده از این قارچ دارای فعالیت آنزیمی مدنظر است. تأیید این نتایج به بررسی بیان این ژن در سیستم گیاهی مناسب و بررسی کارکرد آن در سطح آنزیمی نیازمند است.