تجزیه و تحلیل آماری پپتیدهای ضدسرطان گیاهی با استفاده از محیطR

Abstract

به رغم پیشرفت‌های چشمگیر در زمینه درمان سرطان، علاقه به طراحی داروهای جدید افزایش یافته‌است. برخی از پپتیدهای گیاهی طیف گسترده‌ای از فعالیت‌های سیتوتوکسیک را در برابر سلول‌های سرطانی نشان می‌دهند. هدف این مطالعه تجزیه و تحلیل آماری پپتیدهای ضد‌سرطان گیاهی شناخته شده و همچنین یافتن مهمترین ویژگی‌های مشترک بین آنها بود. در این راستا لیستی از پپتیدهای ضدسرطان گیاهی موجود در پایگاه داده (The Antimicrobial Peptide Database) تهیه و اطلاعات مربوط به هر پپتید استخراج شد. آنالیزهای آماری در محیط نرم‌افزار R Studio صورت گرفت. نتایج بیانگر آن بود که 55 مورد ثبت شده اغلب از نظر تاکسونومی متعلق به رده Malpighiales بودند. تقریباً 44 درصد پپتیدها طولی در بازه 25 الی 30 اسیدآمینه داشتند. هیستیدین و متیونین کمترین فراوانی را در بین اسیدآمینه‌های تشکیل‌دهنده پپتیدها داشتند. سیستئین، سرین و گلیسین فراوانترین اسید‌آمینه‌ها بودند. 91 درصد پپتیدها کمتر از 10 اسیدآمینه اسیدی و 71 درصد پپتیدها کمتر از 10 اسیدآمینه بازی داشتند. شارژ خالص 76 درصد پپتیدها بین 2- الی 2 بود. 64 درصد پپتیدها اندکس بومن کمتر از 1 داشتند. پایین بودن این اندکس نشانگر هیدروفوبیسیتی بالای این پپتیدها و افزایش احتمال برهم‌کنش آنها با سایر پروتیین‌هاست. همچنین مهمترین ساختار سه بعدی شناخته شده برای پپتیدهای ضد‌سرطان گیاهی حضور 3 پل دی‌سولفیدی بود. بنابراین تولیدکنندگان و طراحان دارو می‌توانند با استفاده از این ویژگی‌ها که از آنالیزهای آماری پیشرفته استخراج می‌شوند، نسبت به سنتز یا کشف داروهای موثر جدید با اثرات جانبی کمتر اقدام نمایند.