شناسایی و تعیین خصوصیات میکرو RNA‌های محافظت شده Coriandrum sativum L.با استفاده از داده‌های توالی‌یابی نسل جدید

Abstract

میکرو RNA‌ها (miRNAs) گروهی از مولکول‌های RNA کوچک و غیر کدکننده‌ با طولی حدود 24-18 نوکلئوتید هستند که بیان ژن‌های هدف خود را در سطوح مختلف رونویسی و پس از رونویسی در گیاهان کنترل می‌کنند. میکرو RNA‌ها در فرآیندهای مختلفی مانند رشد و نمو، فرآیندهای زیستی، تکثیر سلولی و پاسخ به تنش‌ها در گیاهان نقش مهمی بازی می‌کنند. گشنیز زراعی با نام علمی (Coriandrum sativum L.) گیاهی از خانواده چتریان (Apiaceae) است که دارای کاربردهای غذایی و دارویی مختلفی است. ژنوم این گیاه تاکنون توالی‌یابی نشده است و هیچ‌گونه گزارشی از شناسایی میکرو RNA‌ها برای آن ثبت نشده است. مطالعه حاضر به‌منظور شناسایی میکرو RNA‌های محافظت شده بالقوه و ژن‌های هدف آن‌ها در ترنسکریپتوم گیاه گشنیز صورت گرفت. ابتدا ترنسکریپتوم بافت‌های بذر و برگ این گیاه سرهم‌بندی شد و رونوشت‌های غیر کد‌کننده به پروتئین شناسایی و به‌عنوان توالی‌های کاندید پیش‌ساز میکرو RNA در نظر گرفته شدند. در نهایت از بین توالی‌های کاندید سه میکرو RNA با نام‌های csa-miR162، csa-miR169 و csa-miR399 متعلق به سه خانواده محافظت شده میکرو RNA پس از اعمال فیلترهای سخت‌گیرانه شناسایی شد. میکرو RNAهای شناسایی شده دارای بیان متفاوتی در بافت‌های بذر و برگ بودند و نقش ژن‌های هدفشان در فرآیندهای مختلف زیستی نیز مورد تأیید قرار گرفت. در مجموع با توجه به اینکه میکرو RNAهای شناسایی شده در مطالعه حاضر دارای نقش تنظیمی بر طیف وسیعی از شبکه‌های ژنی و فرآیندهای زیستی مختلف در گیاه گشنیز هستند، می‌توان از آن‌ها به‌عنوان ژن‌های کاندید در بهبود عملکرد کمی و کیفی و همچنین مقاومت به تنش‌های مختلف در این گیاه بهره برد.