آنالیز شبکه‌ هم‌بیان ژنی وزن‌دار برای یافتن ماژول های تنظیم‌شونده توسط هورمون جاسمونیک‌اسید در آرابیدوپسیس

Abstract

شرایط محیطی منجر به ساخت ملکول‌های پیام‌رسان از جمله فیتوهورمون‌ها در گیاهان می‌گردد که وظایف مهمی بعنوان پیام‌رسان اولیه در مسیر ترارسانی و تنظیم فعالیت‌های سوخت و ساز سلول را بعهده دارند. هورمون جاسمونیک‌اسید با کنترل عامل‌های رونویسی در فرآیندهای نموی و پاسخ گیاهان ‌به تنش‌های مختلف نقشی کلیدی ایفا ‌می‌کند. با وجود مطالعات فراوان صورت گرفته، پاسخ‌ گیاهان به این هورمون به‌طور کامل شناخته نشده است. در اینجا، داده‌های ریزآرایه مربوط به گیاه آرابیدوپسیس از پایگاه داده GEO برای آنالیز شبکه همبیانی مورد استفاده قرار گرفت. از تجزیه تحلیل آن‌ها با روش WGCNA (شبکه‌ هم‌بیانی ژنی وزن‌دار)، 25 گروه‌ ژنی (ماژول‌) بدست آمد که پروفایل بیانی آنها در پاسخ به جاسمونیک‌اسید با یکدیگر دارای همبستگی معنی‌دار بالایی بود. برای بررسی معنی‌داربودن آماری هر ماژول از نظر زیستی از تجزیه و تحلیل هستی‌شناسی ژن استفاده شد. نتایج نشان داد که فرآیندهای زیادی از جمله فتوسنتز، مرگ برنامه‌ریزی‌ شده سلول و پاسخ به تنش‌های مختلف به وسیله ‌جاسمونات کنترل ‌شدند. علاوه‌ براین، تعداد زیادی عامل رونویسی، برای مثال 11 ژن از خانواده NAC و 12 ژن از خانواده bHLH، در تنظیم پاسخ‌های جاسمونیک‌اسید نقش داشتند و فرآیندهایی هم‌چون پاسخ به تنش‌های زیستی و غیر زیستی، نمو گل و پاسخ به نور را کنترل نمودند.