استخراج مستقیم و خالص سازی DNA کل از جامعه میکروبی خاک و ردیابی مولکولی فرم‌های اختصاصی بیمارگر خاکزاد Fusarium oxysporum عامل پژمردگی آوندی گوجه فرنگی

Abstract

دستیابی به اطلاعات مولکولی و ژنتیکی توانسته است بسیاری از چالش‌های علوم زیستی را در جنبه‌های مختلف حل کند. روش‌های کاربردی بسیاری جهت استخراج DNA از بافت‌های جانوری و گیاهی و سایر موجودات زنده شناسایی و معرفی شده است.، در بسیاری مطالعات ژنتیکی در جوامع میکروبی، اغلب نیاز به استخراج مستقیم DNA از خاک است. در این تحقیق پس از مطالعه دقیق روش‌های مختلف پیشنهادی، سه روش (شیمیایی- آنزیمی)، (شیمیایی- مکانیکی) و (شیمیایی- آنزیمی- مکانیکی)، جهت استخراج DNA ازجامعه میکروبی خاک، جداگانه طرح و مورد مطالعه و بررسی قرار گرفت تا مناسب‌ترین روش، شناسایی و معرفی شود. مقایسه بین روش‌های مختلف در شرایط برابر و 5 تکرار برای هر روش، در محصول DNA اختلاف مشخصی را از میانگین غلظت32/2 تا 1/6 نانوگرم بر میکرولیتر DNA رقیق شده، نشان داد و همچنین بر اساس اطلاعات بدست آمده از دستگاه نانودراپ و الکتروفورز و بررسی نسبت DNA به پروتئین در محصول استخراج DNA، روش (شیمیایی- آنزیمی-مکانیکی) با کارایی بهتر در غلظت بیشتر، حذف هیومیک‌اسید، پروتئین و سایر آلودگی‌ها به سایر روش‌ها برتری داشت. در این تحقیق همچنین ردیابی مولکولی بیمارگر‌ها به عنوان یکی از کاربردهای مهم استخراج مطرح و فرم اختصاصی Fusarium oxysporum f. sp lycopersici و Fusarium oxysporum f. sp. radicis lycopersici عامل پژمردگی آوندی در گوجهفرنگی از جامعه میکروبی خاک به وسیله تکنیک‌های مولکولی با آغازگر اختصاصی uni شناسایی شد. نتایج ردیابی مولکولی، حضور فرم‌های اختصاصی این بیمارگر را در نمونه خاک S1 با 5 تکرار تائید می‌نماید.