مقایسه روش‌های مولکولی RAPD-PCR و DGGE-PCR در شناسایی لاکتوباسیلوس‌های جداسازی شده در طی رسیدن پنیر لیقوان

Abstract

در این تحقیق با استفاده از دو روش مولکولی مستقل از کشت دی کد-پی سی آر (DGGE-PCR) و وابسته به کشت رپید-پی سی آر (RAPD-PCR)، تغییرات جمعیتی لاکتوباسیلوس‌های پنیر سنتی لیقوان بررسی شد. هر دو این تکنیک‌ها، توانایی بالایی در شناسایی و ردیابی این گروه از باکتری‌های اسیدلاکتیک نشان دادند. با این حال، تفاوت هایی نیز در نحوه شناسایی لاکتوباسیلوس‌های جداسازی شده در مراحل مختلف رسیدن دیده شد. در روش وابسته به کشت رپید لاکتوباسیلوس پلانتاروم، لاکتوباسیلوس پاراپلانتاروم و لاکتوباسیلوس برویس در محصول رسیده به عنوان جمعیت غالب شناسایی شدند. اما در روش مستقل از کشت دی کد حضور دو سویه لاکتوباسیلوس کرواتوس و ساکیی نیز دیده شد که در روش وابسته به کشت قابل شناسایی نبودند. از مزیت‌های روش رپید فراهم کردن داده‌هایی کمی برای جمعیت باکتریایی مختلف بود در حالی‌که روش دی کد، تنها قادر به فراهم آوردن داده‌هایی نیمه کمی بود. با توجه به محاسن و محدودیت‌های هر دو روش می‌توان گفت که هر دو این روش‌ها به تنهایی کامل نبوده و در صورت کاربرد تلفیقی، داده‌های قابل اطمینان تری ارائه خواهد شد.