آنالیز پایداری بیان برخی از ژن‌های مرجع به منظور مطالعات بیان ژن در برنج با استفاده از Real-time PCR

Abstract

با ابداع واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز در زمان واقعی تحول عظیمی در زمینه تجزیه بیان ژن در موجودات زنده ایجاد شد، چراکه یکی از روش‌های مناسب برای ارزیابی میزان بیان ژن‌ها محسوب می‌گردد. در این روش، برای ارزیابی دقیق بیان ژن کنترل خطا بین نمونه‌ها ضروری می‌باشد. روشی که به صورت گسترده برای کنترل خطا مورد استفاده قرار می‌گیرد، نرمال کردن سطوح RNA با یک ژن مرجع یا خانه‌دار می‌باشد. این مطالعه به منظور بررسی کارایی10 ژن خانه‌دار در گیاه برنج در شرایط تنش شوری انجام شد. تیمار شوری صفر و 300 میلی‌مولار بعد از گذشت 8 هفته از رشد گیاهان اعمال گردید. همچنین در زمان‌های صفر، 6، 12، 24، 48 و 72 ساعت پس از اعمال تیمار شوری، از اندام‌های ریشه و برگ نمونه‌گیری صورت گرفت. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل داده‌ها با استفاده از نرم افزار geNorm نشان داد که ژن‌های eIF-4a و ACT7 در بافت ریشه و ژن‌های GAPDH و ACT11 در بافت برگ به عنوان پایدارترین ژن‌های مرجع می‌توانند در نرمال‌سازی مطالعات بیان ژن مورد استفاده قرار بگیرند. بر اساس آماره توصیفی در برنامه BestKeeper ژن eIF-4a در اندام ریشه و ژن‌های UBQ10 و eIF-4a در اندام برگ دارای بیشترین همبستگی با شاخص BestKeeper (به ترتیب 885/0، 891/0و 886/0) می‌باشد. در مجموع نتایج این تحقیق نشان داد که ژن‌های eIF-4a، ACT7، UBQ10 ، GAPDH و ACT11 می‌توانند به عنوان ژن‌های مرجع مناسب در گیاه برنج به منظور نرمال‌سازی داده‌های بیانی مورد استفاده قرار بگیرند.