مقایسه ناحیه‏ های ژنی ITS، D1/D2 LSU rDNA، بتاتوبولین و RNA پلی‌مراز II در جداسازی گونه‌های Allophoma ،Didymella و Neodidymelliopsis از خانواده Didymellaceae

Abstract

در این پژوهش، 12 سویۀ بومی و 80 سویه از گونه‌های شناخته‌شدۀ سه جنس Allophoma،Didymella و Neodidymelliopsis گزینش شدند و در یک تجزیه‏و‏تحلیل تبارزایشی جهت هم­سنجی ناحیه‏های ژنی ITS، دومین D1 و D2 از زیرواحد بزرگ ژن ریبوزومی (D1/D2 LSU rDNA)، بتاتوبولین و RNA پلی‌مراز در جداسازی گونه‌ها استفاده شدند. ناحیه‏های ژنی سویه‌های بومی با به‌کارگیری DNA استخراج‌شده از زیست‌تودۀ میسیلیومی خشک‌انجمادی شده تکثیر و توالی‌یابی شدند. تجزیه‏و‏تحلیل تبارزایشی با به‌کارگیری الگوریتم درست‌نمائی بیشینه انجام شد. ناحیه‏های D1/D2 LSU rDNA، ITS، rpb2 و tub2 به ترتیب 0، 20، 43 و 46 گونه از 61 گونۀ مربوط به سه جنس موردبررسی را جداسازی کردند. در تجزیه‏و‏تحلیل تبارزایشی ترکیب ناحیه‏های ژنی، همۀ توالی‌های ترکیبی (ITS-tub2، ITS-rpb2، tub2-rpb2، ITS-tub2-rpb2 و ITS-28S-tub2-rpb2) توانستند، نزدیک به 49 گونه از 61 گونۀ موردبررسی را جدا کنند. نتیجه‏ها نشان دادند که برای شناسایی و جداسازی دقیق گونه‌های Allophoma، Didymella و Neodidymelliopsis<em>، </em>توالی‌یابی و تجزیه‏و‏تحلیل تبارزایشی سه ناحیه ITS، tub2 و rpb2 در کنار بررسی‌های ریخت‌شناسی نیازین است. چنانچه به خاطر محدودیت‌های مالی یا زمانی در یک پژوهش، تنها تکثیر و توالی‌یابی یک ناحیه دلخواه باشد، ژنtub2 یا rpb2 بهترین نتایج را ارائه می‌کنند.