تعیین توالی کامل جدایه ایرانی ویروس موزاییک چغندرقند

Abstract

ویروس موزاییک چغندر (<em>Beet mosaic virus</em>, BtMV)، تنها پوتی‌ویروس آلوده‌کننده چغندرقند بوده و امروزه در سراسر چغندرکاری‌های جهان پراکنش دارد. در مطالعه حاضر ژنوم کامل جدایه‌ای از این ویروس (Ir-VRU) با استفاده از آغازگرهای دژنره عمومی پوتی‌ویروس‌ها، آغازگرهای اختصاصی طراحی شده و همچنین روش 5^'-RACE برای اولین بار در ایران توالی یابی شد. ژنوم کامل جدایه ایرانی BtMV، بدون در نظر گرفتن دنباله poly-A، 9591 باز طول داشته، و بخش‌های 5^'-UTR و 3^'-UTR به ترتیب 165 و 168 باز می‌باشند. موتیف‌های معمول، چارچوب ژنی پلی‌پروتئین و PIPO در این جدایه شناسایی گردید. کد شدن پلی‌پروتئینی به طول 3086 آمینواسید و نه جایگاه برش در این پلی‌پروتئین پیش بینی گردید. بربررسی‌ها بر روی پنج جدایه مختلف BtMV نشان داد که جدایه ایرانی یکسانی زیادی به دو جدایه آلمانی و چینی داشته و از طرف دیگر بیشترین تفاوت را با جدایه آمریکایی نشان می‌دهد. تحلیل تبارزائی نیز جدایه Ir-VRU را به‌عنوان یک عضو از سوپر گروه BCMV نشان می‌دهد.