شناسایی و ردیابی اختصاصی ‌Phytopthora drechsleri، P. cryptogea و P. erythroseptica با واکنش زنجیره‌ای پلیمراز

Abstract

گونه‌های <em>Phytophthora drechsleri</em>، <em>P. cryptogea</em> و <em>P. erythroseptica</em> بیمارگرهای گیاهی اُاُمیستی خویشاوندند و از نظر ریخت‌شناختی به یک‌دیگر شباهت دارند. برای تمایز این آرایه‌ها از یک‌دیگر و از سایر گونه‌هایی که صفات ریخت‌شناختی همگرا دارند، شیوه‌ای بر اساس واکنش زنجیره‌ای پلیمراز ساده و تودرتو ابداع شد. بدین منظور مجموعه‌ای از جدایه‌ها مربوط به میزبان‌های مختلف، که نماینده‌ی تنوع موجود در ژن‌های هسته‌ای و میتوکندریایی این گونه‌ها بودند، بررسی شد. بر اساس توالی‌ فواصل ترانویسی شده‌ی داخلی (آی‌تی‌اِس) و زیرواحد 1 سیتوکروم اکسیداز سی، شش عدد آغازگرِ واکنش زنجیره‌ای پلیمراز اختصاصی برای <em>P. drechsleri</em>و همچنین بر اساس زیرواحد 1 سیتوکروم اکسیداز سی سه عدد آغازگر اختصاصی برای <em>P. cryptogea</em> و <em>P. erythroseptica</em>طراحی و واسنجی شد. واکاوی‌ها نشان داد که بهترین نامزد برای شناسایی جدایه‌های <em>P. drechsleri</em>مجموعه‌ی ITS-DF2 و ITS-DR2 بود که محصولی 567 جفت بازی را فزون‌سازی می‌کرد. استفاده از آغازگرهای COX-CF1 و COX-CR2 بهترین مجموعه برای تمایز <em>P. cryptogea/P. erythroseptica</em> از سایر گونه‌ها بود و موجب فزون‌سازی قطعه‌ای 415 جفت‌بازی شد. واکاوی نقشه‌ی آنزیم‌های برشی این دو گونه نشان داد که جایگاه آنزیم برشی غیرپالیندرومی <em>Mnl </em>I در فزونه‌ی جدایه‌های <em>P. erythroseptica</em> منحصر به فرد است و از آن می‌توان برای تمایز این گونه از <em>P. cryptogea</em> استفاده کرد. نتایج این مطالعه نشان داد که استفاده از واکنش زنجیره‌ای تودرتو برای ردیابی این گونه‌ها حداقل 100 برابر حساس‌تر از روش سنتی است.