بررسی اثر متقابل ژنوتیپ و محیط با جانهی داده ژنومی شبیه سازی شده با استفاده از مدل های حیوانی مختلف
دریافت مدرک
FullText
اندازه فایل:
1008.کیلوبایتنوع فايل (MIME):
PDFنوع مدرک
Textمقاله پژوهشی
زبان مدرک
فارسیچکیده
هدف از این تحقیق ارزیابی مدلهای تک-صفتی و چند-صفتی در سناریوهای مختلف ژنومی با در نظر گرفتن جانهی جهت برآورد صحت پیشبینی ژنومی و تشخیص وجود اثر متقابل ژنوتیپ و محیط (G × E) بود. دادههای ژنومی با تعداد متفاوت جایگاههای صفات کمی (90 و 900) و سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (کم و زیادLD = ) برای تراکم K50 شبیهسازی شدند. سپس بهطور تصادفی 90 درصد نشانگرها حذف و در مرحله بعد این نشانگرها از طریق نرمافزار Flmpute (نسخه 2/2) جانهی شدند. میانگین صحت جانهی در سناریوهای با LD زیاد و کم بهترتیب 976/0 و 943/0 بود. در همه سناریوهای شبیهسازیشده تفاوت جزئی بین صحت ژنومی دادههای اصلی و جانهی مشاهده شد. صحت ژنومی با کاهش سطح LD، وراثتپذیری و همبستگی ژنتیکی بین صفات کاهش یافت. استفاده از مدل چند-صفتی نسبت به مدل تک- صفتی باعث افزایش صحت ژنومی شد. سطح LD و همبستگی ژنتیکی بین محیطهای مختلف، در صورت وجود اثر متقابل محیط و ژنوتیپ نقش مهمی را ایفا کردند. لحاظ کردن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط و تأثیر آن بر افزایش صحت ژنومی از یک طرف و جانهی تراشههای با تراکم کم به تراکم زیاد (خصوصاً در سناریوهای با LD بالا) جهت کاهش هزینههای ژنومی از طرف دیگر، میتواند راه حل مناسب و کاربردی جهت بهبود انتخاب ژنومی باشد.
کلید واژگان
صحت جانهیصحت ژنومی
عدم تعادل پیوستگی
مدل حیوانی چند صفتی
همبستگی ژنتیکی
شماره نشریه
3تاریخ نشر
2018-10-231397-08-01
ناشر
دانشگاه تهران، پردیس ابوریحانUniversity of Tehran, College of Abureyhan
سازمان پدید آورنده
استادیار و عضو هیات علمی دانشگاه آزاد اسلامی واحد آستاراشاپا
2009-67762382-994X
