بررسی اثر ضدباکتریایی پروتئین لاکتوپراکسیداز و پپتیدهای آن بر روی برخی از باکتری‌های مولد ورم پستان گاوشیری با داکینگ مولکولی

Abstract

متاسفانه استفاده از آنتی‌بیوتیک‌ها برای درمان بیماری ورم پستان دام منجر به ایجاد اثرات جانبی نامطلوبی شده است. از جایگزین‌های آنتی‌بیوتیک می‌توان به پروتئین‌های ضد میکروبی نظیر لاکتوپراکسیداز اشاره کرد. هدف از این پژوهش پیش‌بینی پپتیدهای پروتئین لاکتوپراکسیداز و مقایسه‌ی آن‌ها در گونه‌های انسان، شتر، گوسفند، بز، گاومیش و گاو و بررسی خواص ضد باکتریایی آن در برابر باکتری‌های Staphylococcus aureus و Escherichia coli مولد ورم پستان از طریق داکینگ مولکولی است. از این رو، خواص فیزیکوشیمیایی پروتئین لاکتوپراکسیداز و پپتیدهای زیست‌فعال حاصل از آن با استفاده از نرم‌افزار CLC Main Workbench 5 بررسی و سپس ساختار سوم آن برای شتر و انسان از طریق نرم‌افزار Swiss-Model پیش‌بینی شد. در ادامه پپتیدهای این پروتئین پیش‌بینی و در نهایت برهمکنش‌های پروتئین لاکتوپراکسیداز و پپتیدهای حاصل از آن با پروتئین‌های سطحی دو باکتری مذکور با استفاده از نرم‌افزار آنلاین ClusPro2.0 صورت گرفت. نتایج داکینگ مولکولی نشان داد که مناسب‌ترین موقعیت اتصال که در آن پروتئین لاکتوپراکسیداز حاصله با منفی‌ترین انرژی به پروتئین سطحی غشاء این دو باکتری متصل شده است، به ترتیب مربوط به گاو و بز می‌باشد. بررسی بیوانفورماتیکی هفت پپتید حاصل از این پروتئین نیز نشان داد که پپتید شماره‌ی سه مربوط به گاو، بز، گاومیش، گوسفند عملکرد بهتری در اتصال و تخریب پروتئین سطحی غشاء این دو باکتری داشته و با انرژی اتصال منفی تری نسبت به فرم کامل پروتئین لاکتوپراکسیداز به این باکتری‌ها متصل شده است. امید است بتوان در آینده از این پپتیدها به‌عنوان جایگزینی مناسب برای آنتی‌بیوتیک‌ها در بخش درمان بیماری ورم پستان استفاده کرد.