| dc.contributor.author | حیدری, منظر | fa_IR |
| dc.contributor.author | شبر, زهرا سادات | fa_IR |
| dc.contributor.author | کوباز, پریسا | fa_IR |
| dc.contributor.author | حیدری, محمد جواد | fa_IR |
| dc.date.accessioned | 1399-07-09T11:29:38Z | fa_IR |
| dc.date.accessioned | 2020-09-30T11:29:38Z | |
| dc.date.available | 1399-07-09T11:29:38Z | fa_IR |
| dc.date.available | 2020-09-30T11:29:38Z | |
| dc.date.issued | 2016-08-22 | en_US |
| dc.date.issued | 1395-06-01 | fa_IR |
| dc.date.submitted | 2016-04-27 | en_US |
| dc.date.submitted | 1395-02-08 | fa_IR |
| dc.identifier.citation | حیدری, منظر, شبر, زهرا سادات, کوباز, پریسا, حیدری, محمد جواد. (1395). بررسی مقایسه ای ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط کنترل و تنش خشکی با استفاده از داده های EST. فصلنامه علمی ـ پژوهشی زیست فناوری گیاهان زراعی, 6(14), 1-15. | fa_IR |
| dc.identifier.issn | 2252-0783 | |
| dc.identifier.issn | 2322-4819 | |
| dc.identifier.uri | http://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_3172.html | |
| dc.identifier.uri | https://iranjournals.nlai.ir/handle/123456789/403209 | |
| dc.description.abstract | برنج غذای اصلی بیش از نیمی از جمعیت جهان به ویژه کشورهای در حال توسعه است و خشکی مهمترین عامل کاهش عملکرد برنج در آسیا می‌باشد. این تحقیق به منظور شناسایی ژن‌های پاسخ دهنده به تنش خشکی با کمک تجزیه و تحلیل اطلاعات EST دو کتابخانه برگ برنج انجام شد. داده‌های کتابخانه‌های EST در شرایط شاهد و تنش خشکی، از پایگاه داده NCBI دریافت و با استفاده از نرمافزار EGassembler ویرایش، دستهبندی و همگذاری شدند. توالیهای کانتیگ و سینگلتون به دست آمده به عنوان الگو برای جستجوی بلاست x در بانک توالی پروتیین برنج و انتساب گروه عملکردی با استفاده از نرم افزار CLC Genomic Workbench و AgriGO به کار برده شدند. پروتئین‌های شناسایی شده در کتابخانه‌های شاهد و خشکی به ترتیب در70 و 82 گروه کارکردی مختلف قرار گرفتند. برای شناسایی تفاوت‌های معنی‌دار بین گروه‌های کارکردی در کتابخانه‌های شاهد و تنش خشکی از نرمافزار IDEG6 استفاده شد. بررسی هستی‌شناسی ژن‌ها، تفاوت معنی‌دار در 20 گروه عملکردهای مولکولی، 35 گروه فرایندهای زیستی و 12 گروه اجزای درون سلول را آشکار ساخت. به منظور تعیین بیان افتراقی ژن‌ها بین دو کتابخانه، 4012 EST دارای کد Unigene با استفاده از الگوریتم پیاده سازی شده در نرمافزار MATLAB انتخاب و با استفاده از نرم افزار IDEG6 تفاوت معنی‌دار بین 42 ژن تحت تنش خشکی نسبت به شاهد، مشاهده شد (31 ژن افزایش و 11 ژن کاهش بیان). ژن‌های افزایش بیان یافته، در پاسخ به تنش‌های محیطی و اکسیداتیو، برقراری هموستازی، پروتئولیز و گلیکولیز نقش داشته و ژن‌های مربوط به فتوسنتز کاهش بیان نشان دادند. | fa_IR |
| dc.format.extent | 1931 | |
| dc.format.mimetype | application/pdf | |
| dc.language | فارسی | |
| dc.language.iso | fa_IR | |
| dc.publisher | دانشگاه پیام نور | fa_IR |
| dc.publisher | Payame Noor University | en_US |
| dc.relation.ispartof | فصلنامه علمی ـ پژوهشی زیست فناوری گیاهان زراعی | fa_IR |
| dc.relation.ispartof | Crop Biotechnology | en_US |
| dc.subject | برچسب توالی های بیان شده (EST) | fa_IR |
| dc.subject | برنج | fa_IR |
| dc.subject | بیان افتراقی ژن‌ها | fa_IR |
| dc.subject | خشکی | fa_IR |
| dc.subject | بیوانفورماتیک | fa_IR |
| dc.title | بررسی مقایسه ای ترنسکریپتوم برگ برنج تحت شرایط کنترل و تنش خشکی با استفاده از داده های EST | fa_IR |
| dc.type | Text | en_US |
| dc.type | علمی پژوهشی | fa_IR |
| dc.contributor.department | کارشناس بخش زیست شناسی سامانه ها، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی | fa_IR |
| dc.contributor.department | استادیار بخش زیست شناسی سیستم‌ها، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی | fa_IR |
| dc.contributor.department | استادیار، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج | fa_IR |
| dc.contributor.department | دانشجوی دکترای کامپیوتر، دانشکده کامپیوتر، دانشگاه امیرکبیر، تهران | fa_IR |
| dc.citation.volume | 6 | |
| dc.citation.issue | 14 | |
| dc.citation.spage | 1 | |
| dc.citation.epage | 15 | |
| nlai.contributor.orcid | 0000-0002-7011-5415 | |
