آنالیز آماری بیان آنتی‌ژن MAGE-A4 در سرطان‌های وابسته و پیش بینی عرضه آنتی‌ژن با مولکول HLA-B37 مبتنی بر روش‌های بیوانفورماتیکی

Abstract

زمینه و هدف: ایمونوتوکسین‌ها از جمله راهبردهای امیدوار‌کننده در درمان هدفمند سلول‌های سرطانی هستند که با مکانیسم اتصال اختصاصی به آنتی‌ژن‌های توموری عمل می­کنند. لذا واکاوی این نوع از آنتی‌ژن‌ها و پایش ویژگی‌های ساختاری و عمکردی آن­ها فراهم‌کننده بستری در ارتباط با توسعه این نوع از داروها می‌باشد. در این تحقیق، مطالعه خانواده آنتی‌ژنی MAGE بر اساس آزمون‌های بیوانفورماتیکی در دستور کار قرار گرفته است. روش کار: در گام نخست، آنالیزآماری بیان آنتی­ژن­های خانواده MAGE در انواع سرطان­ها با استفاده از برنامه SPSSانجام گرفت. بعد از تعیین MAGE-A4 به عنوان آنتی­ژن برتر، براساس مرور منابع، اپی‌توپ‌های اتصالی MAGE-A4 با ایزوفرم­های مختلف HLAشناسایی شد. سپس با استفاده از برنامه‌های BIMAS و SYFPEITHI اپی‌توپ‌های اتصالی گزارش شده در منابع تائید شد. شاخص پایداری و ایمونوژنسیتی اپی‌توپ‌ها به ترتیب با استفاده از برنامه­های PROTPRAM وIEDB انجام شد. به منظورتعیین میل اتصالی و پایداری کمپلکس HLA-B37-peptide درشرایط شبه واقعی، نرم افزارهای اتوداک وینا وگرومکس 5.1 مورداستفاده قرارگرفت. یافته‌ها: نتایج حاصل از این آزمون منجر به آشکارسازی میزان و گستره بیانی بالای MAGE-A4 در مقایسه باسایر اعضای این خانواده شد. همچنین پپتید VDELAHFLLمشتق شده ازMAGE-A4 با بالاترین میزان پایداری وایمونوژنسیتی مطلوب آشکارشد. از سوی دیگر کمپلکس HLA-B37-VDELAHFLL با پایین‌ترین میزان نمودار RMSD به عنوان پایدارترین کمپلکس ارزیابی گردید. نتیجه‌گیری: به طورکلی نتایج حاصل از این تحقیق نشان دادکه پپتید مورد نظر VDELAHFLL از آنتی­ژن MAGE-A4 ممکن است در تولید آنتی­بادی مونوکلونال وتوسعه واکسن در درمان مدرن سرطان مدنظر قرارگیرد.