بررسی نظری ساختارهای چرخشی β دی پپتید محافظت شده سرین-آلانین با استفاده از محاسبات کوانتومی

Abstract

در این تحقیق با استفاده از محاسبات کوانتومی در فاز گازی در دو سطح محاسباتی B3LYP/6-311+G(d,p) و M06-2X/6-311+G(d,p)، ساختارهای چرخشی β فرم L دی­پپتید محافظت شده سرین-آلانین بر روی نقشه­ راماچاندران مورد بررسی قرار گرفته­اند. از بین 243 کنفورمر محتمل دی­پپتید محافظت شده N-For-ser-ala-NH2، 26 کنفورمرساختار چرخشیβ را دارند. نظریه کوانتومی اتم­ها در مولکول­ها برای بررسی طبیعت پیوندهای هیدروژنی بین مولکولی ساختارهای چرخشی βمورد استفاده قرار گرفته است. نتایج بدست آمده مشخص می­کنند که کنفورمر متعلق به نوع V ساختارهای βبه دلیل تشکیل سه پیوند هیدروژنی، پایدارترین ساختار چرخشیβ در بین همه ساختارها است. در حالی­که ناپایدارترین ساختار چرخشیβ ( )، متعلق به نوع I، به ترتیب دو و یک پیوند هیدروژنی در دو سطح محاسباتی B3LYP/6-311+G(d,p) و M06-2X/6-311+G(d,p) را تشکیل می­دهد.