آنالیز بیوانفورماتیک کدونی ژنوم کلروپلاست گونه های دیپلوئید و مقایسه با ژنوم دو گونه تتراپلوئید پنبه

Abstract

تجزیه کاربردی کدون اهمیت ویژه‌ای در بهینه‌سازی سامانه بیان ژن‌ها در تولید پروتئین دارد. جنس گوسیپیوم مهمترین گیاه تولیدکننده الیاف در دنیای جدید می‌باشد. در این تحقیق توالی کامل ژنوم کلروپلاست دو گونه‌ G.thurberi و G.arboreum توسط نرم افزار کدونW مورد مطالعه و تجزیه قرار گرفت. تجزیه کدون‌های دارای ترادف (RSCU) برای 57 ژن کدکننده پروتئین در ژنوم کلروپلاست این دو گونه به منظور دستیابی به فاکتورهای دخیل در اریبی کدون صورت پذیرفت. تمامی کدون‌های ترجیح داده شده دارای بازهای آلی آدنین و تیمین در انتهای کدون بودند که با عنایت به غنای ژنوم کلروپلاست در خصوص این دو باز پدیده‌ای طبیعی است. آنالیز تطبیقی و روش برآورد تعداد موثر کدون‌ها به صورت نمودار تعداد کدون به منظور تجزیه کاربرد کدون‌های مترادف انجام گرفت. نمودارENC Vs GC3 ، عمده ژن‌های آنالیز شده را معادل یا دقیقا در سمت چپ منحنی قابل انتظار GC3 گروه‌بندی کرد که بیانگر تاثیر محدودیت‌های ترکیب کدونی در تنظیم استفاده ار کدون‌هاست. بر اساس تجزیه تطبیقی، اریبی مشاهده شده در ژنوم کلروپلاست گونه‌های مورد مطالعه با طول ژن، اریبی جهش در ژن‌ها، سطح هیدروپاتی ژن‌های پروتئینی، عملکرد ژن و انتخاب یا بیان ژن بصورت ماهرانه‌ای در کاربرد کدون‌ها تاثیرگذار است. نتایج این پژوهش در فراهم آوردن زمینه برای مطالعات تکامل ملکولی قابل استفاده خواهد بود.