جداسازی و توالی‌یابی ژن مربوط به آنتی‌پورتر هیدروژن/ سدیم غشای واکوئلی گیاه هالوفیت (.Kochia scoparia L)

Abstract

در این پژوهش از گیاه دولپه‌ای و شورزی کوشیا (Kochia scoparia)به‌عنوان منبع برای جداسازی ژن استفاده شد. ابتدا با استفاده از پرایمرهای طراحی‌شده در مناطق حفاظت‌شدۀ این ژن در گیاهان هم‌خانواده، طول 1605 نوکلئوتیدی و توالی 535 اسید‌آمینه‌ای از توالی کدکنندۀ این ژن شناسایی و توالی‌یابی شد. با استفاده از آنالیز BLAST میزان شباهت این توالی با 90%-87% همولوژی در سطح نوکلئوتیدی و 99%-98% در سطح اسید‌آمینه‌ای با ژن‌هایNHX گیاهان خانوادۀ اسفناجیان تعیین شد. آنالیزهای تعیین خصوصیات پروتئینی و ارتباط آن با پروتئین­های دیگر با استفاده از مطالعات بیوانفورماتیکیانجام شد. براساس وجود ساختارهای دوم پروتئینی مشخص شد که در پلی‌پپتید موردبررسی، 11 مارپیچ آلفا در ناحیه گذرنده از غشا وجود دارد و اسیدآمینه‌هایی با خصوصیت آب‌گریزی در ناحیه گذرنده از غشا واقع شده است و در ادامه انتهای کربوکسیلی با تعداد کمتری مارپیچ آلفا و میزان آب­دوست بودن بالا به‌عنوان ناحیۀ سیتوپلاسمی پروتئین موردنظر مطرح می‌شود. این نتایج نقش دفع سدیم توسط ناقل‌های غشای پلاسمایی را برای وجود واکنش مقاومت به شوری در گیاه کوشیا تأیید نمود.