بررسی بیوانفورماتیکی ژن‌های خانواده‌ی عوامل رونویسی WRKY در گندم

Abstract

خانواده‌ی ژنی WRKY رمزکننده گروه بزرگی از عوامل رونویسی هستند که در تنظیم ژن‌های پاسخ­دهنده به تنش‌های زیستی و غیرزیستی به‌خصوص در تنش خشکی دخیل می­باشند؛ برای شناسایی اعضاء این خانواده ژنی در گندم، جستجوی چندگانه در پایگاه‌های اطلاعاتی مرتبط و tblastn براساس توالی­های حفظ‌شده‌ی این خانواده در برنج در داده­های nr، EST، HTGS انجام شد. توالی­هایی مثل EST و cDNA (فاقد پروتئین) توسط نرم­افزارهای DNAstar و NCBI ORF finder ترجمه شدند. هم‌ردیفی و آنالیز فیلوژنتیکی با استفاده از نرم‌افزارهای MEGA4 و BioEdit انجام گردید. الگوی بیانی این خانواده­ی ژنی با استفاده از داده­های ریزآرایه و در پایگاه­های PLEXdb، GENEVESTGATOR بررسی شد. براساس نتایج به‌دست‌ آمده، 94 عضو از خانواده­ی ژنی WRKY در گندم یافت شد. برای 76 عضو پیدا شده ساختار حفظ ‌شده خانواده WRKY به‌طور کامل وجود داشت و برای دیگر اعضاء توالی کامل پروتئین پیدا نشد. عوامل رونویسی WRKY در گندم همانند برنج بر مبنای ساختار دمین حفاظت‌شده WRKY به سه گروه تقسیم شدند. 7 عضو از این خانواده، با توجه به بیان افتراقی آن‌ها در پاسخ به تنش خشکی در ارقام حساس و متحمل گندم، به‌عنوان ژن­های منتخب برای افزایش تحمل به خشکی در گندم انتخاب شدند.