بررسی ساختار بلوک‌های هاپلوتیپی و پویش ژنومی صفت افزایش وزن بدن در کروموزوم-های آتوزومال گوسفند نژاد زندی با استفاده از مدل هاپلوتایپ

Abstract

<strong>زمینه مطالعاتی:</strong> افزایش وزن روزانه از مهمترین سنجه­های تعیین کننده سود اقتصادی در پرورش گوسفند است. آگاهی از ویژگی­های عدم تعادل پیوستگی (LD) و ساختار بلوک­های هاپلوتیپی در مطالعات پویش ژنوم و انتخاب ژنومی معیارهای کلیدی می­باشند. <strong>هدف</strong>: این تحقیق به منظور مطالعه گستره LD، ساختار بلوک هاپلوتیپی و ارتباط ژنومی هاپلوتیپی گوسفند برای شناسایی مناطق ژنومی مؤثر بر صفات افزایش وزن روزانه قبل (AGW) و بعد از شیرگیری (PWG) در گوسفند زندی اجرا شد. <strong>روش کار:</strong> از 96 رأس گوسفند زندی نمونه خون تهیه شد و با استفاده از آرایه­های SNPChip 50 K شرکت ایلومینا تعیین ژنوتیپ شدند. پس از مراحل کنترل کیفی، در نهایت 40879 نشانگر SNP مربوط به 94 حیوان آنالیز شدند. مقدار LD با محاسبه آماره <em>r²</em> بین تمام جفت جایگاه­ها از طریق نرم افزار PLINK و بلوک­های هاپلوتیپی بوسیله نرم افزار Haploview برای هر کروموزوم محاسبه شدند. پس از شناسایی اثرات ثابت معنی­دار (سال تولد و تیپ تولد)، مطالعه پویش ژنومی در نرم افزار PLINK ارزیابی و برای کنترل نرخ اشتباه از تصحیح بنفرونی استفاده شد. <strong>نتایج:</strong> در این مطالعه گستره مفید عدم تعادل پیوستگی در 40K برابر با 2/0 <em>r²=</em> برآورد شد. 58/7 درصد از کل SNPها درون بلوک­های هاپلوتیپی و 45/1 درصد از ژنوم اتوزومی توسط بلوک­ها پوشش داده شد. با انجام آنالیزهای پویش ژنومی، در مجموع چهار جایگاه هاپلوتیپی روی کروموزوم­های 3، 5، 6 و 7 شناسایی شد، به طوری که، ارتباط معنی­داری بین هاپلوتیپ­های کروموزوم 5، 6 و 7 با صفت AWG و توجیه 43/3 درصد از واریانس صفت و هاپلوتیپ کروموزوم­ 3 با PWG و توجیه 52/1 درصد از واریانس صفت به دست آمد. <strong>نتیجه گیری نهایی:</strong> ژن‌های کاندیدای شناسایی شده حاصل از آنالیزهای هاپلوتیپی عملکرد مولکولی مرتبط با صفات رشد داشتند که قابل استفاده بودن این یافته­ها در ارزیابی­ها، سبب تسریع در پیشرفت ژنتیکی افزایش وزن خواهد شد.