بررسی صحت مدل ‏های تک صفتی و چند صفتی ژنومی در حضور اثر متقابل ژنوتیپ و محیط

Abstract

هدف از این تحقیق ارزیابی مدل­های حیوانی مختلف در سناریوهای متفاوت ژنومی جهت برآورد ارزش­‌های اصلاحی ژنومی و تشخیص وجود اثر متقابل ژنوتیپ و محیط (G × E) بود. داده‌­های ژنومی با تراکم‌­های متفاوت جایگاه­های صفات کمّی (100 و 500) و سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (کم و زیادLD =) با تراکم K10 برای 30 کروموزم شبیه­‌سازی شدند. صفتی در سه محیط مختلف با وراثت­پذیری­­های 10/0، 25/0 و 50/0 روی این ژنوم شبیه­سازی شد. در مرحله بعد، همبستگی ژنتیکی ضعیف (47/0) و قوی‌ (83/0) بین محیط سه (50/0h2=) با محیط­های یک (10/0h2=) و دو (25/0h2=) ایجاد شد. نتایج نشان داد صحت پیش­بینی ژنومی با افزایش هر یک از عوامل سطح LD ، وراثت­پذیری و همبستگی ژنتیکی بین صفات افزایش یافت. استفاده از مدل چند صفتی نسبت به مدل تک صفتی باعث افزایش صحت پیش­‌بینی ژنومی شد. صحت پیش­­بینی­های ژنومی هنگامی که ارزش های اصلاحی ژنومی حیوانات محیط سوم با استفاده از اطلاعات ژنومی خویشاوندانشان در محیط دوم برآورد شد بالاتر بود و بیش­ترین صحت پیش­بینی ژنومی (422/0) برای سناریو با تعداد پایین QTL و عدم تعادل پیوستگی بالا مشاهده شد. همچنین، با افزایش درصد حیوانات از 25 به 75 درصد، صحت پیش­بینی ژنومی افزایش یافت. به طور کلی در صورت وجود اثر متقابل G × E، سطح LD، نوع حیوانات موجود در جمعیت مرجع و همبستگی ژنتیکی بین محیط­های مختلف نقش مهمی را ایفا می­کنند. در نتیجه می­توان بیان کرد که با لحاظ کردن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، صحت پیش­­بینی ژنومی بیشتر و فهم بهتری از تنوع ژنتیکی صفات کمّی حاصل می­شود.