مطالعه شبیه سازی دینامیک ملکولی و حرکات عملکردی آنزیم لیپازA از گونه باسیلوس سوبتیلیس

Abstract

آنزیم لیپاز باسیلوس سوبتیلیس یکی از کوچک ترین پروتئین های متعلق به خانواده β/α هیدرولازها می-باشد. این آنزیم بر خلاف همه لیپازها خاصیت فعال سازی سطحی را از خود نشان نمی¬دهد ولی همانند دیگر لیپازها کاربردهای فرآوانی در زمینه¬های صنعتی، دارویی، صنایع غذایی و زیست محیطی دارا می¬باشد. تعدادی گزارش از تولید این لیپاز مهندسی شده ارائه شده که اساس طراحی در آن¬ بصورت جهش¬های تصادفی می¬باشد. لذا مطالعه دینامیک ملکولی این آنزیم در دماهای مختلف برای بررسی خصوصیات دینامیکی آن ضروری به نظر می¬رسد. شناسایی این حرکات ملکولی برای تغییر در روش طراحی از تصادفی به طراحی منطقی آنزیم بسیار موثر می¬باشند. بر اساس مطالعه شبیه سازی دینامیک ملکولی این آنزیم در مدت 15 نانوثانیه، حرکات ملکولی در لوپ¬های دوطرف جایگاه فعال مشاهده گردید که میزان آن در دماهای مختلف با هم متفاوت بودند. از سوی دیگر دو لوپ کلیدی که در ایجاد حرکات عملکردی نقش دارند در طرف دیگر آنزیم شناسایی شدند که دارای نقش لولا در محور حرکتی اجزای ساختاری دوم در اطراف جایگاه فعال می-باشند.