شناسایی مولکولی، بررسی تبارزایی و تنوع ژنتیکی ویروس موزاییک شلغم در مزارع کلزا استان ‏خراسان جنوبی

Abstract

کلزا با نام علمی (<em>Brassica napus</em>) یکی از اعضای خانواده Brassicaceae(خردل یا خانواده کلم) با گل‌های زردرنگ می‌باشد، که عمدتاً به دلیل داشتن دانه‌های غنی از روغن کشت می‌شود. ویروس موزاییک شلغم (<em>Turnip mosaic virus</em>) از شایع‌ترین و مهم‌ترین بیماری‌های ویروسی کلزا در دنیا به‌شمار می‌آید. در فروردین و اردیبهشت‌ماه 1397، به‌منظور شناسایی مولکولی ویروس‌های جنس <em>Potyvirus</em>، تعداد 66 نمونه برگی از شهرستان‌های سرایان، فردوس، سه قلعه و آیسک در استان خراسان جنوبی جمع‌آوری شد. این نمونه‌ها دارای علائم مشکوک ویروسی نظیر زردی، کوتولگی، موزاییک، چروکیدگی برگی بودند. برای شناسایی ویروس، آر. ‌ان. ‌ای کل، با استفاده از کیت شرکت دنازیست استخراج و دی. ‌ان. ‌ای مکمل از روی آر. ‌ان. ‌ای ویروسی ساخته شد. سپس با استفاده از یک جفت آغازگر دژنره مربوط به جنس پتی ویروس به نام CIR/CIF که منطبق بر قسمتی از ناحیه ژن کدکننده پروتئین CI بود، قطعه‌ای به طول ۶۸۰ جفت باز در ۱۲ نمونه کلزا تکثیر و تعیین توالی شد که شباهت بالایی به ویروس موزاییک شلغم داشت. سپس این نمونه‌ها، با آغازگر اختصاصی ژن پروتئین پوششی ویروس موزاییک شلغم (TuMVF/TuMVR)، آزمایش شدند، که نهایتا منجر به تکثیر قطعه ای به طول ۹۸۰ جفت باز در هشت نمونه گردید. نتایج تعیین توالی نشان داد که هشت نمونه گیاهی کلزا به ویروس TuMV آلوده می‌باشند. در نهایت شش نمونه که خوانش آنها به صورت کامل انجام شده بود، در بررسی‌های تبارزایی بر مبنای توالی پروتئین پوششی مورد استفاده قرار گرفت. بررسی‌های نوترکیبی نشان از وجود دو نمونه نوترکیب داشت که از بررسی تبارزایی حذف شد. چهار جدایه‌ ایرانی غیر نوترکیب در گروه Asian BRو در مجاورت سایر جدایه‌های آسیا قرار گرفتند. تشابه توالی نوکلئوتیدی در ناحیه پروتئین پوششی در بین گونه‌های این تحقیق ۹۵-۹۰ درصد تعیین گردید. بررسی‌های نوترکیبی نشان داد که در دو جدایه ویروس موزاییک شلغم مطالعه‌شده در این تحقیق به نام‌های CSe55 و CSe39 نوترکیبی محتمل است. همچنین بررسی‌های تنوع نوکلئوتیدی جدایه‌ها بانرم افزار DnaSPو منفی بودن آزمون آماری Tajima's D به این معنی است که انتخاب در جهت متنوع شدن و بزرگ شدن جمعیت رخ داده است. تحقیق حاضر اولین گزارش از وقوع این ویروس در مزارع کلزا استان خراسان جنوبی و اولین بررسی مولکولی و تبارزایی جدایه‌های ویروس مذکور در مزارع کلزا می‌باشد.