مقایسه روش‌های مختلف استخراج RNA کل از سه گونه آویشن غنی از ترکیبات فنولی و متابولیت‌های ثانویه

Abstract

گیاهان دارویی منبع غنی از مواد مؤثره برای تولید فراورده­های دارویی هستند. جنس آویشن (<em>Thymus</em>) متعلق به خانواده نعناعیان است که بیش از 18 گونه آن در نواحی مختلف ایران پراکنش دارند. اثرات دارویی این گیاه مربوط به ترکیبات مختلف ازجمله مونوترپن­های فنولی کارواکرول و تیمول است، اما این ترکیبات فنولی و متابولیت­های ثانویه دیگر به­عنوان مشکل اصلی استخراج RNA مناسب برای تجزیه و تحلیل بیان ژن و مهندسی ژنتیک محسوب می­شوند. هدف از انجام این پژوهش، مقایسه روش­های مختلف استخراج RNA و معرفی یک روش مناسب جهت استخراج RNA از سه گونه آویشن غنی از ترکیبات فنولی بود. ازاین­رو، هفت دستورالعمل استخراج RNA شامل سه روش، دو کیت و دو بافر تجاری استخراج RNAاز نظر کمیت و کیفیت RNA استخراج شده، ارزیابی و مقایسه شدند. به‌منظور ارزیابی کمیت و کیفیت RNA از خواندن جذب در طول موج 260، 280 و 230 نانومتر، محاسبه نسبت جذب 280/260 و 230/260، الکتروفورز ژل آگارز، واکنش­های RT-PCR و Real-Time PCR استفاده شد. از بین روش­های مورد مطالعه، کمیت و کیفیت RNAی استخراج شده با روش فنل/ SDSنسبت به روش­های دیگر ازجمله TRIzol^® برای هر سه گونه ­آویشن مناسب­تر بود. از محاسن این روش کوتاه بودن زمان استخراج و ساخت دستی بافر اشباع با تریس بود که در گزارش­های قبلی به­شکل آماده خریداری شده است. در نهایت، روش فنل/ SDS تغییریافته برای استخراج RNAاز برگ­های غنی از ترکیبات فنولی آویشن معرفی شد.