تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مجموعه‌های ژنی با استفاده از مطالعات پویش کل ژنومی جهت شناسایی ژن‌ها و مسیرهای مرتبط با تعداد نتاج در نژادهای مختلف گوسفند

Abstract

هدف از این پژوهش، بررسی صفت تعداد نتاج در هر زایش میش به­عنوان یک صفت تولید­مثلی مهم بود. به این منظور از رکوردهای فنوتیپی هفت نژاد گوسفند وادی، هوی، ایسلندی، فین­شیپ و رومانوف با باروری بالا و نژادهای تکسل و راهمنی با باروری پایین، برای مطالعه پویش ژنومی بر پایه آنالیز غنی­سازی به‌منظور شناسایی مکانیسم­­های زیستی استفاده شد. ارزیابی پویش کل ژنومی در بسته GenABEL برنامه R انجام شد. آنالیز غنی­سازی مجموعه ژنی با بسته نرم‌افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی طبقات عملکردی و مسیرهای زیستی ژن­های نزدیک در مناطق انتخابی کاندیدا انجام شد. در این پژوهش ژن­های <em>BMP5</em>، <em>DHCR24</em>، <em>BMPR1B</em>، <em>ESR1</em>، <em>ESR2</em> و <em>PLCB1</em> در نژادهای وادی و رومانوف، ژن­های <em>SMAD1</em>، <em>SMAD2</em>، <em>INSR</em> و <em>PTGS2</em> در نژادهای فین­شیپ و هوی، ژن­های <em>BMP7</em>، <em>NCOA1</em> و <em>ERBB4</em> در گوسفند ایسلند، ژن­های <em>BMP4</em>، <em>MSRB3</em> و <em>SPP1</em> در نژاد تکسل، و ژن­های <em>BMP7</em>، <em>EGFR</em> و <em>KCNMA1</em> در نژاد راهمنی با تعداد نتاج متولدشده مرتبط بودند. در تحلیل غنی­سازی مجموعه­های ژنی، تعداد 30 مسیر با صفت تعداد نتاج در هر زایش مرتبط بودند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی‌شده، مسیرهای TGF-β signaling pathway،Oxytocin signaling pathway ، Estrogen signaling pathway، Prolactin signaling pathway وInsulin signaling pathway نقش مهمی در نرخ تخمک­ریزی و چند قلوزایی داشتند. با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافته­های این پژوهش می­تواند در انتخاب ژنتیکی گوسفند از طریق تعداد نتاج بیش‌تر در هر زایش مفید باشد.