آنالیز بیوانفورماتیک ژنوم کلروپلاست پنبۀ دیپلوئید (Gossypium herbaceum) و مقایسه آن با دو گونۀ آلوتتراپلوئید
(ندگان)پدیدآور
نصراللهی, هاجرطلعت, فرشیدبرنوسی, ایرجبدری انرجان, مهدینوع مدرک
Textعلمی پژوهشی
زبان مدرک
فارسیچکیده
هشت ژنوم دیپلوئید شامل ژنومهای A، B، C، D، E، F، G و K در جنس گوسیپیوم Gossypium شناسایی شده اند. ژنوم A فقط به دو گونه herbaceum و arboreum پنبه های دنیای قدیم محدود شده است و این ژنوم از G. herbaceumبه گونههای دیگر انتقال پیدا کرده است. به منظور توالی یابی ژنوم کلروپلاست G. herbaceum (A1) و مقایسه آن با دو گونه G. hirsutum (AD1) و G. barbadense (AD2) توالیهای ژنوم سه گونه از سایت مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی برداشت شده است. موقعیت هر کدام از ژنها، تعداد نوکلئوتیدها، نواحی بین ژنی و اینترونها مشخص گردید. ژنوم کلروپلاست G. herbaceum دارای 160140 جفتباز بوده و ساختمان چهاربعدی حفاظت شده دارد. نواحی تک نسخهای ژنوم کلروپلاست، توسط دو ناحیه تکرار معکوس از هم جدا شده که ناحیه تک نسخهای بزرگ دارای 88709 جفت باز، ناحیه تک نسخهای کوچک 20221 جفت باز بوده و هر ناحیه تکرار معکوس 25605 جفت باز دارد. ژنوم پلاستیدی 114 ژن تک نسخهای و 19 ژن دو نسخهای دارد که ژنهای تک نسخهای شامل 79 ژن رمزکننده پروتئین، 4 ژن rRNA ریبوزومی و 31 ژن tRNA است. نتایج نشان داد میان ژنهای پلاستیدی فقط 18 ژن دارای 2-1 اینترون هستند که در مقایسه با ژنوم کلروپلاست دو گونه آلوتتراپلوئیدی ژن ycf15 تنها ژن دو
نسخهای موجود در G. herbaceum بود. در G. herbaceum و G. barbadense ژن rpl22 وجود داشت ولی ژن ycf15 در
G. barbadense، ژن های rpl22 و ycf15 در G. hirsutum از دست رفته اند. با وجود میزان بالای حفاظت SSRها در ژنوم کلروپلاست این SSRها به دلیل بازده بالا در مقابل SSR ژنومی برای آنالیز تنوع ژنتیکی مفید هستند.
کلید واژگان
G.herbaceumژنوم کلروپلاست
توالییابی
بیوانفورماتیک
شماره نشریه
20تاریخ نشر
2018-02-201396-12-01
ناشر
دانشگاه پیام نورPayame Noor University
سازمان پدید آورنده
کارشناسارشد اصلاحنباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایراناستادیار، بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی آذربایجان غربی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، ارومیه، ایران
دانشیار گروه اصلاحنباتات و بیوتکنولوژی گیاهی، دانشکده کشاورزی دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران
کارشناسارشد اصلاحنباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران
شاپا
2252-07832322-4819