آنالیز فیلوژنتیک جدایه‌های کاپری پاکس ایران طی سال‌های 1392-1395

Abstract

جنس کاپری پاکس ویروس ازخانواده پاکس ویریده شامل سه ویروس آبله گوسفند (SPV)، آبله بز (GPV) و لامپی اسکین (LSDV) می‌باشد که خسارات اقتصادی مهمی به دامداری در مناطق اندمیک وارد کرده‌اند. از انجایی که کاپری پاکس ویروس‌ها از لحاظ مورفولوژی و آنتی ژنیکی مشابه هستند، تفریق این ویروس‌ها بر استفاده از روش‌های مولکولی متکی است. هدف از این مطالعه تشخیص مولکولی کاپری پاکس ویروس‌های ایران براساس آنالیز سکانس ژن همولوگ گیرنده کموکاین می‌باشد. به این منظور، 16 ایزوله کاپری پاکس شامل 10 ایزوله SPV، 4 ایزوله GPV و 2 ایزوله LSDV از نقاط مختلف ایران که در سال‌های 1395-1392 جداسازی شده‌اند مورد استفاده قرار گرفت. ژن CKR جدایه‌ها با روش PCR تکثیر شد و در وکتور pTZ57R/T کلون گردید. آن‌ها در مقایسه با نمونه‌های CaPV موجود در بانک داده‌ها توالی‌یابی شده و آنالیز گردیدند. آنالیز توالی و فیلوژنتیک نشان می‌دهد که، SPVهای ایران با بیش از 99 درصد تشابه با دیگر SPV های موجود در بانک ژن در یک دسته قرار می گیرند به استثناء SPV عمان. ایزوله‌های GPV ایران با 99-98 درصد تشابه با دیگر ایزوله‌های موجود در بانک ژن در یک دسته قرار می‌گیرند و به علاوه، با ایزوله‌های GPV هند و بنگلادش پروفایل ژنی مشابهی را نشان می‌دهند. ایزوله‌های LSDV ایران 100-99 درصد مشابه دیگر ایزوله‌های LSDV بانک ژن و در یک دسته قرار گرفته‌اند. به طور قطع، براساس آنالیز سکانس ژن CKR ایزوله‌های SPV، GPV و LSD ایران کاملا متفاوت هستند.