استفاده از یک سیستم VNTR بومی شده متکی بر دو لوکوس در دسته بندی ژنتیکی جدایه‌های صحرایی بورخولدریا مالئی در ایران

Abstract

بورخولدریا مالئی باکتری مسبب مشمشه با میزبان‌های عمدتا تک سمی خود سازگای یافته است و قادر به ادامه حیات طولانی در خارج از بدن میزبان نیست. ایران بصورت سالانه اپیدمی‌های این بیماری را تجربه می‌نماید. در سال‌های اخیر ژنوتایپینگ مبتنی بر لوکوس‌های چندگانه متشکل از واحدهای تکرار‌شونده پشت سرهم به عنوان روش انتخابی برای مشمشه پذیرفته شده است. با هدف ارزیابی مقایسه‌ای قدرت تفریق دو لوکوس VNTR به نام‌های VNTR1217 و VNTR13 تکنیک VNTR-PCR بر روی 5 سویه بورخولدیا مالئی ایران اجرا گردید. توالی نوکلئوتیدهای محصولات PCR به منظور اطمینان از درستی اندازه و همچنین ساختار ژنتیکی تعیین گردید. ضمنا تعداد 29 سویه بورخولدریا مالئی نیزدر تحقیق وارد شدند. نتایج نشان دادند همه سویه‌ها در ژنوم خود لوکوس VNTR13 را که در تحقیق حاضر معرفی گردید حمل می نمایند در حالیکه وجود لوکوس VNTR1217 در ژنوم 4 سویه احراز نگردید. اندیکس Nei' di درمورد لوکوس VNTR13 بالاتر از VNTR1217 (0.8 در مقایسه با 0.74) تعیین گردید. تعداد آلل‌های شناخته شده توسط لوکوس‌های VNTR13 و VNTR1217 در میان سویه‌های ایران بترتیب 2 و 3 مورد بود. بر اساس این یافته ها اگر بنا بر انتخاب مجموعه ای از لوکوس های VNTR مناسب برای معرفی یک سیستم جهانی MLVA در مورد بورخولدریا مالئی وجود داشته باشد لازم است همه لوکوس‌های فعلی بر روی کلکسیونی از سویه‌های بورخولدریا مالئی از تمام جهان مورد آزمایش قرار گیرد. انجام چنین تحقیق گسترده‌ای تنها در صورت همکاری میان آزمایشگاه‌های مرجع مورد تایید OIE امکان پذیر خواهد بود.