جداسازی، همسانه‌سازی، بررسی بیوانفورماتیکی ویژگی‌های پروتئینی و تحلیل بیان ژن دی هیدروبنزوفنانتریدین اکسیداز (DBOX) گیاه دارویی شقایق (Papaveer somniferum L.)

Abstract

<strong>چکیده</strong><br /> <strong>گیاه شقایق </strong><strong><em>P. somniferum</em></strong><strong> از مهم‌ترین گیاهان داروئی به شمار رفته و تنها منبع بسیاری از آلکالوئیدهای بنزیل ایزوکوینولینی (</strong><strong>BIAs</strong><strong>) محسوب می‌گردد. آلکالوئیدهای بنزیل ایزوکوینولینی گروه بزرگ و پیچیده‌ای از متابولیت‌های ثانویه گیاهی بوده که از خواص داروئی و درمانی قابل توجهی بر خوردار هستند. در مطالعه حاضر (در آزمایشگاه بیوتکنولوژی دانشگاه لرستان در سال 1393-1395) به منظور جداسازی و همسانه‌سازی ژن </strong><strong><em>DBOX</em></strong><strong>ژنوتیپ ایرانی گیاه شقایق، ابتدا توالی مورد‌نظر با استفاده از آغازگرهای طراحی‌شده، تکثیر و سپس قطعه تولید‌شده به پلاسمید </strong><strong>pTZ57R/T</strong><strong> منتقل گردید. نتایج توالی‌یابی قطعه 1614 جفت‌بازی را معین نمود که با 100 درصد همسانی با ژن </strong><strong><em>DBOX</em></strong><strong> گیاه شقایق شباهت داشت. توالی پروتئینی کد‌شده توسط این ژن مورد تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی قرار گرفت و سه دامنه عملکردی </strong><strong>FAD binding</strong><strong>، </strong><strong>Berberine</strong><strong> و </strong><strong>FAD/FMN-containing dehydrogenase</strong><strong> در توالی پروتئینی و وجود یک سیگنال پپتید در انتهای آمینی آن مشخص گردید. همچنین نتایج نشان داد که بیشترین تجمع پروتئین کد‌شده توسط ژن </strong><strong><em>DBOX</em></strong><strong> در ناحیه غشای سلولی و پلاسمایی بوده و بیشترین عملکرد این پروتئین در ناحیه خارج سلولی می‌باشد. جهت تجزیه و تحلیل بیان ژن </strong><strong><em>DBOX</em></strong><strong> و تعیین الگوی بیانی آن در بافت‌های مختلف گیاهی، تعداد 5 کتابخانه </strong><strong>ترنسکریپتومی</strong><strong> حاصل از داده‌های </strong><strong>RNA</strong><strong>-seq</strong><strong> گیاه شقایق با شماره‌های دسترسی </strong><strong>ERX651037</strong><strong>، </strong><strong>ERX651023</strong><strong>، </strong><strong>ERX651056</strong><strong>، </strong><strong>ERX651082</strong><strong> و </strong><strong>ERX651062</strong><strong> از پایگاه </strong><strong>SRA</strong><strong> سایت </strong><strong>NCBI</strong><strong> دریافت شد. تعداد توالی‌های حاصل از همردیفی بین بافت‌های مختلف با استفاده از آزمون‌های آماری </strong><strong>Fisher exact test</strong><strong> و </strong><strong>Chi-squared 2X2</strong><strong> مقایسه گردید. نتایج تجزیه و تحلیل بیان ژن با استفاده از تکنیک </strong><strong>real time RT-PCR</strong><strong> و آزمون‌های </strong><strong><em>In silico</em></strong><strong> نشان داد که بیشترین سطح بیان این ژن در ریشه و کمترین آن در ساقه می‌باشد.</strong><br /> <br /> <strong>کلیدواژه‌ها: الگوی بیان ژن، ترنسکریپتوم، توالی‌یابی، دامنه عملکردی</strong>، <strong>شقایق</strong>