بازسازی و آنالیز توپولوژی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیرگاو

Abstract

<strong>مدل‌سازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیر، احتمالا می تواند منجر به دیدگاهی سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان‌پذیر است. در این پژوهش، شبکه متابولیتی درگیر در تولید شیر در گاو، بازسازی و آنالیز شده است. بدین منظور، ابتدا اطلاعات موجود در پایگاه داده­های </strong>NCBI <strong>، </strong>Uniprot <strong>، </strong>KEGG<strong> و </strong>Brenda<strong> مورد استفاده قرار گرفته­اند. شبکه حاصل، شامل 3605 واکنش بوده که توسط 646 آنزیم کاتالیز شده و از پایگاه داده </strong>KEGG<strong> تهیه گردیده­اند. براساس تئوری گراف، تمامی ویژگی­های ساختاری شبکه متابولیتی جهت دار و بدون جهت مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. میانگین طول مشخصه مسیر برابر با مقادیر 51/5 و53/5 به ترتیب برای شبکه متابولیتی جهت دار و بدون جهت به­دست آمد. 23 متابولیت هاب تعیین گردید. زیرا هرگونه تغییر در این متابولیت­ها ممکن است موجب کاهش تولید شیر بوده و یا برای سلامتی دام مضر باشد. بنابراین هدف از ساخت شبکه متابولیت محور، مقایسه تطابق ویژگی­های این شبکه با سایر شبکه‌های بیولوژیکی و تعیین متابولیتهای کلیدی در تولید شیر می باشد. تحقیق حاضر،</strong> <strong>می تواند اطلاعات مفیدی برای بهبود و درک بهتر فرآیند تولید شیر در گاو از دیدگاه متابولیکی ارائه دهد و منجر به ارائه پیشنهاداتی در جهت ایجاد ویا بهبود استراتژی­های اصلاح نژادی گردد</strong>