پویش کل ژنوم نشانه های انتخاب در گاو هلشتاین، نجدی و آمیخته های هلشتاین-نجدی

Abstract

چکیده:برای محافظت از نژادهای بومی به منظور حفظ تنوع ژنتیکی، نگهداری حیوان در محل زندگی خود است چرا که هزینه محافظت از ذخایر ژنتیکی بالا بوده و امکان حفظ همه ذخایر ژنتیکی در آزمایشگاه‌ها و موسسات تحقیقاتی ممکن نیست. هدف از این تحقیق شناسایی نشانه‌های انتخاب در گاو هلشتاین، نجدی و آمیخته های آن ها در گله های استان خوزستان بود. به این منظور از اطلاعات ژنومی 209 نمونه گاو شامل 21، 128 و 60 نمونه به ترتیب از نژادهای هلشتاین، نجدی و آمیخته های هلشتاین-نجدی آن‌ها استفاده شد که با بکارگیری آرایه های Genotyping Array 30K تعیین ژنوتیپ شدند. در این مطالعه نشانه‌های انتخاب با استفاده از دو سری از روش‌ها مورد بررسی قرار گرفت که در دو روش( FST و Hapflk) به صورت چند جمعیتی و دوروش دیگر(iHS, nSL) به صورت تک جمعیتی عمل می‌کند. در دو روش اول که چند جمعیتی بودند نقاطی بر روی کروموزوم های 8، 14، 16 و 24 شناسایی شدند که کروموزوم 16 در هر دو روش مشترک بود. برخی از مناطق شناسایی شده با آماره های FST و Hapflk به صورت مستقیم و یا غیر مستقیم با صفات تولید شیرو تولید مثل در گاو در ارتباط هستند. در دو روش‎ دوم که تک جمعیتی بودند نقاطی بر روی کروموزوم های شماره 3، 4، 7، 10 و 15 بودند که کروموزوم شماره 3 در هر دوروش مشترک بود. برخی از مناطق شناسایی شده با آماره های nSL و iHS به طور مستقیم و غیر مستقیم با صفات رشد، تولید مثل ، سیستم ایمنی وسایر صفات مرتبط با آن‌ها ارتباط دارند .ولی از مجموع 59 ژن شناسایی شده توسط چهار روش مورد استفاده دو ژن ,IQCA1, ACKR3 به طور مشترک توسط آماره iHS و nSL شناسایی شدند. ضمناٌ می‌توان نتیجه گرفت که انتخاب طی سالیان گذشته به طور کلی بر روی صفاتی متمرکز شده است که ضمن افزایش مقاومت دام‌ها به شرایط محیطی محل زندگی بر روی افزایش راندمان تولید نیز موثر بوده است.