مطالعه جامع ژن‌های غیرکدکننده بلند مرتبط با سندرم آسیت طیور

Abstract

اهداف: سندرم آسیت ، عارضه‌ای است که معمولا، در جوجه‌های گوشتی در حال رشد در تمام نقاط دنیا رخ می-دهد واین بیماری یکی از علل مهم تلفات در بسیاری از گله‌ها می‌باشد. درسبب‌شناسی این عارضه درپرندگان حساس نسبت به پرندگان مقاوم، علاوه بر فاکتور‌های محیطی، پروفایل بیان متفاوت ژن‌ها احتمالا، در حین یا قبل از بروز بیماری دخیل می‌باشد. همچنین، عامل این تفاوت بیان ژن، ممکن است تحت تاثیر RNAهای غیرکدکننده طویل باشد. لذا هدف از تحقیق حاضر، شناسایی و کشف ژن‌های غیرکدکننده بلند طولانی موثر برسندرم آسیت در جوجه‌های گوشتی بود.مواد و روش‌ها: بدین منظور، از شش مجموعه داده متعلق به چهاربافت (کبد، کلیه، قلب و سرخرگ ششی) استفاده شد. جهت شناسایی ژن‌های غیرکدکننده بلند طولانی از انواع نرم‌افزارها (CPC2, CNIT PLEK, FEELNC, PLIT) و انواع بلاستها بر علیه پایگاه داده های مختلف NR و Refseq و همچنین، سایر ابزارهای شناسایی رونوشت‌ها استفاده شد. برای انجام متاآنالیز ازنرم‌افزار meta-RNAseq و روش فیشر استفاده شد.یافته‌ها: بررسی نتایج این تحقیق نشان داد که 188 رونوشت lncRNA به عنوان RNA غیرکدکننده بلند طولانی جدید در بافت‌های مورد بررسی کشف و شناسایی شدند. از این تعداد، 166 lncRNA در فاصله 50±هزار بازنوکلئوتیدی با 689 تعداد ژن همجوار بودند. آنالیز همبیانی نشان داد که بین 13عدد lncRNA وتعداد 17 ژن همجوار همبستگی بالای 90/0 وجود داشت. از این 17تعداد ژن همجوار،6 تعداد ژن کدکننده شناخته شده بودند. بررسی سطح معنی‌داری بین گروه پرندگان سالم و آسیتی نشان داد که در بافت سرخرگ ششی بیان 4 ژن به صورت معنی داری متفاوت بود که این 4 ژن همجوار کدکننده با3 تا lncRNA ارتباط بیانی داشتند. بعبارت دیگر، یک lncRNA دو ژن همجوار را کنترل می‌کرد. درمتاآنالیز نیز تعداد 9 ژن lncRNA بین پرندگان سالم و آسیتی بطور معنی داری دارای بیان افتراقی بود که بررسی های بیشتر آنها نشان دهنده ارتباطات آنها با سندروم آسیت بود. نتیجه گیری: نتایج این تحقیق به روشنی نشان داد که lncRNA ها نقش مهمی در بروز بیماری آسیت ایفا می-کنند و با مدیریت ژنتیکی گله‌های مرغان تجاری می‌توان بروز این عارضه در مرغداری‌ها را کم و ضررهای اقتصادی را کنترل کرد.واژه‌های کلیدی: آسیت، متاآنالیز، RNAهای غیرکدکننده بلند طولانی، فیشر