ارزیابی بیوانفورماتیک نقش MicroRNAها در تنظیم بیان ژن‌های دخیل در سیستم ایمنی ماهی گورخری ( <i>Danio rerio</i>)

Abstract

این مطالعه به بررسی نقش microRNAها در تنظیم بیان ژن‌های دخیل در سیستم ایمنی ماهی گورخری از طریق تحلیل بیوانفورماتیکی پرداخته است. بدین‌منظور، پروفایل­های ژنی مرتبط با سیستم ایمنی ماهیان استخوانی از پایگاه داده NCBI استخراج و microRNAهای هدف ­گیرنده این ژن‌ها با استفاده از ابزار Target Scan و miRmap شناسایی شدند. نتایج نشان داد که ژن‌هایی نظیر tlr3، nlrx1، saa،cxcl12a ، C3، mhc1ze و mhc2dabنقش مهمی در پاسخ‌های ایمنی، التهاب و استرس اکسیداتیو ایفا می­کنند. از میان آنها، microRNAهای dre-miR-30e-3p و dre-miR-723-5p با امتیازهای بالاتر از 80 به‌طور مؤثری ژن tlr3 را که در تشخیص RNA دو رشته‌ای و فعال‌سازی پاسخ‌های ایمنی ذاتی نقش دارند، تنظیم می­ کنند. همچنین، dre-miR-155 و dre-miR-2194 و dre-miR-2185-5p به‌عنوان تنظیم‌کننده‌های اصلی در تنظیم ژن nlrx1، که نقش مهمی در مسیرهای ایمنی و استرس اکسیداتیو دارد، شناخته شدند. بیان ژنsaa ، دخیل در پاسخ‌های التهابی و تنظیم ایمنی، به‌وسیلة dre-miR-135c،dre-miR-135b و dre-miR-135a تنظیم می ­شود. همچنین، ژن cxcl12a که کموکین SDF-1 را رمزگذاری می‌کند و در مهاجرت سلول‌های ایمنی نقش دارد، توسط dre-miR-740، dre-miR-22b و dre-miR-22a تنظیم می‌شود. از سوی دیگر، ژن‌های سیستم مکمل مانند C3 تحت تأثیر dre-miR-93 و dre-miR-128 قرار دارند. ژن‌های mhc1ze وmhc2dab، microRNAهایی نظیر dre-miR-101a، dre-miR-3906 و dre-miR-740 به‌عنوان تنظیم‌کننده‌های قوی شناسایی شدند. این نتایج، همراه با تحلیل‌های دقیق‌تری که از ترکیب داده‌های بیوانفورماتیک حاصل شده است، به شناسایی و درک نقشmicroRNAها در تنظیم سیستم ایمنی ماهی گورخری کمک کرده و به‌عنوان مبنای مطالعات تجربی آینده در این حوزه قرار می‌گیرند.