پویش ژنومی نشانه های انتخاب در اسب نژاد کرد

Abstract

<strong>انتخاب جهش</strong><strong>­</strong><strong>های مفید در برخی جمعیت­ ها سبب به ­جا گذاشتن نشانه­ هایی در سطح ژنوم می­ شود. به ­دلیل ارتباط این مناطق با صفات مهم اقتصادی شناسایی این مناطق از ژنوم از موضوعات مهم در پژوهش ­های ژنتیک حیوانی است. این پژوهش با هدف شناسایی مناطق ژنومی حامل نشانه ­های انتخاب در اسب نژاد کرد با استفاده از ریزآرایه نانویی </strong><strong>اسب </strong><strong>70</strong><strong>K</strong><strong> انجام شد. تعداد 28 رأس اسب نژاد کرد از مناطق مختلف کردستان و کرمانشاه انتخاب، بعد از خونگیری و استخراج </strong><strong>DNA</strong><strong>، تعیین ژنوتیپ شدند. جهت جستجوی نشانه‌‌های انتخاب از دو آزمون</strong><strong>EHH </strong><strong> و </strong><strong>iHS</strong><strong> در محیط </strong><strong>R</strong><strong> و با استفاده از بسته نرم ­افزاری </strong><strong>rehh</strong><strong> استفاده شد. به­ منظور بررسی ژن­ ها و </strong><strong>QTL</strong><strong>های احتمالی در مناطق کاندیدای انتخاب، از پایگاه داده­ های نشانگر تک نکلئوتیدی اسب و پایگاه </strong><strong>QTL</strong><strong> حیوانات استفاده شد. با استفاده از آماره </strong><strong>iHS</strong><strong>، 9 منطقه ژنومی روی کروموزوم‌‌های 11، 7، 5 و 15 به­ عنوان مناطق کاندیدای نشانه انتخاب، شناسایی شد. جهت ارزیابی اثر انتخاب در این مناطق از آماره </strong><strong>EHH</strong><strong> به ­همراه بررسی دیاگرام‌‌های شاخه‌‌ بندی هاپلوتیپی و بررسی طول </strong><strong>LD</strong><strong> استفاده شد. روی کروموزوم­ های 7 و 11 مناطقی به ­عنوان مناطق حامل نشانه ­های انتخاب مثبت شناسایی شده و مناطق ژنومی روی کروموزوم ­های 5 و15 علی ­رغم فراوانی بالای آللی اثری از انتخاب مثبت اخیر در این نواحی ژنومی مشاهده نشد و آلل­ ها به ­عنوان آلل­ های رایج و قدیمی مشاهده شد. در این مناطق تعدادی ژن و </strong><strong>QTL</strong><strong> شناسایی شد که در زمینه</strong><strong> فعالیت عضلانی، سیستم ایمنی و فعالیت­ های درون سلولی فعالیت دارند. بنابراین، این مناطق از ژنوم اسب کرد احتمالاً هدف انتخاب مثبت بوده است.</strong>