مطالعه وجود SNPها در ژن‌های SUNو OVATEدخیل در شکل میوه گوجه‌فرنگی

Abstract

شکل میوه از صفات بسیار مهم و موثر در کیفیت گوجه­فرنگی (Solanum lycopersicum L.) بوده و ژن­های SUNو OVATE از ژن­های کلیدی کنترل کننده طول میوه می­باشند. به منظور شناسایی SNPها (Single nucleotide polymorphism) در این ژن­ها، قطعاتی از نواحی کد کننده آنها در 96 ژنوتیپ گوجه­فرنگی تکثیر و با آنزیم­های محدود کننده TruI وPstI هضم شد. هضم قطعات تکثیری این دو ژن در ژنوتیپ­ها چندشکلی تولید نکرد بنابراین چهار ژنوتیپ از جمعیت­های مختلف انتخاب و قطعه تکثیری ژن­ها در این ژنوتیپ­ها توالی­یابی شد. همردیفی توالی­ها برای شناسایی SNPها با استفاده از نرم افزار Clustal Omega انجام گرفت. توالی­یابی قطعه تکثیری ژن SUN منجر به شناسایی یک ناحیه اینترونی به طول 369 جفت باز شد. بر اساس نتایج، در ژن SUN ده SNP شناسایی شد. از کل SNPهای شناسایی شده در این ژن، 80 درصد آنها از نوع همجنس و 20 درصد آنها از نوع غیرهمجنس بود. در ژن OVATE پنج SNP شناسایی شد که 80 درصد آنها از نوع همجنس و 20 درصد آنها از نوع غیرهمجنس بود. میانگین تعداد SNPها به ازای هر 100 جفت باز در نواحی اگزونی و اینترونی ژن SUN به ترتیب 9/0 و 62/1 بود. در ژن OVATE به ازای هر 100 جفت باز نیمSNP در ناحیه اگزونی شناسایی شد. با توجه به نقش مهم کیفیت میوه بخصوص شکل آن در بازارپسندی گوجه­فرنگی، SNPهای شناسایی شده در این تحقیق می­تواند در برنامه­های اصلاحی گوجه فرنگی برای مطالعه تنوع ژنتیکی، تهیه نقشه­های ژنتیکی و شناسایی نشانگرهای عملکردی مرتبط با شکل میوه مورد استفاده قرار گیرد.