کلونینگ، توالی‌یابی و شناسایی چندشکلی‌های جایگاه ژنی MHC-DAB II در ماهی فیتوفاگ

Abstract

اهداف: ارزیابی و پایش مداوم تنوع ژنتیکی جمعیت‌های مختلف آبزیان پرورشی در کارگاه‌های تکثیر آبزیان یکی از ضروری‌ترین نیازمندی‌ها برای حفاظت از پویایی و پایداری صنعت آبزی‌پروری است. هدف این پژوهش، کلونینگ، توالی‌یابی و شناسایی چندشکلی‌های جایگاه ژنی MHC-DAB II در ماهی فیتوفاگ بود. مواد و روش‌ها: در این پژوهش تجربی، چندشکلی ژن MHC class II β در ۱۳۸ نمونه باله‌ماهی فیتوفاگ پرورشی در چهار کارگاه تکثیر ایران (گیلان، مازندران، گلستان، استان خوزستان) و نمونه‌های لاین وارداتی از چین مطالعه شد. با انجام واکنش زنجیره‌ای پلیمراز، ضمن تکثیر قطعه ژنی Hymo-DAB، الگوهای هاپلوتایپی مختلف نمونه‌ها با روش SSCP بررسی و توالی‌های به‌دست‌آمده با ClustalW۲ در نرم‌افزار Geneious ۴.۸.۵ هم‌ردیف و مرتب شدند و درخت فیلوژنی توالی‌ها رسم شد. یافته‌ها: محصول واکنش PCR مربوط به جایگاه DAB ژنوم MHC کلاس II ماهی فیتوفاگ با وزن حدود ۳۵۰جفت‌باز بدون باند جانبی در نمونه‌های مورد مطالعه به دست آمد که بیانگر تکثیر جایگاه ژنی ۱*DAB۲Hymo-DAB۱*۰۱/ در ماهی فیتوفاگ بود. بیشترین و کمترین تنوع هاپلوتایپی به‌ترتیب در جمعیت‌های خوزستان و مازندران مشاهده شد. میانگین اختلاف جایگاه‌های همسان (dS) و جایگاه‌های غیرهمسان (dN) بین آلل‌ها به‌ترتیب ۰/۲۵ و ۰/۳۰ و نسبت این دو عامل ۱/۲ بود. بالاترین غنای آللی در نمونه‌های وارداتی از چین (۵) و کمترین غنای آللی میان نمونه‌های مازندران (۳/۸) مشاهده شد. نتیجه‌گیری: تنوع هاپلوتایپی حاصله در ماهی فیتوفاگ به ژن ۱*DAB۲Hymo-DAB۱*۰۱/ تعلق دارد و میان گروه‌های مختلف این گونه، بیشترین تنوع هاپلوتایپی در جمعیت خوزستان و بالاترین غنای آللی مربوط به نمونه‌های وارداتی از چین است.