تعیین اپی‌توپ‌های فضایی جزء دارای قابلیت کریستالی مولکول ایمونوگلوبولین G انسان توسط ایمونوانفورماتیک

Abstract

زمینه و هدف: ایمونوگلوبولین‌ها گروهی از پروتیین‌های سرم هستند که نقش مهمی در دفاع علیه میکروارگانیسم‌ها بر عهده دارند. ایمونوگلوبولین G فراوان‌ترین ایمونوگلوبولین سرم بوده و بین شدت برخی بیماری‌ها از جمله عفونت‌ها و سطح ایمونوگلوبولین G، ارتباط وجود دارد. برای سنجش دقیق ایمونوگلوبولین G، ابزارهای شناسایی اختصاصی از جمله آنتی‌بادی‌های منوکلونال مورد نیاز می‌باشند. ایمونوانفورماتیک شاخه‌ای از ایمونولوژی است که با به‌کارگیری داده‌های زیستی موجود در کامپیوتر به تشخیص دقیق‌تر بیماری‌ها کمک می‌کند. هدف از پژوهش کنونی تعیین اپی‌توپ‌های فضایی جزء دارای قابلیت کریستالی مولکول ایمونوگلوبولین G انسان به‌وسیله ایمونوانفورماتیک می‌باشد. روش بررسی: این مطالعه از نوع مطالعات علوم پایه بوده که از تیر ۱۳۹۲ تا خرداد ۱۳۹۳ در دانشکده پزشکی دانشگاه شاهد در ‌شهر تهران انجام شد. توالی اسیدهای آمینه و ساختار سوم IgG مرجع انسان در پایگاه اطلاعاتی Protein Data Bank (PDB)، ساختار دوم IgG مرجع توسط نرم‌افزار Phyre2 (http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre2/) و اپی‌توپ‌های فضایی بخش Fc مولکول IgG انسان توسط نرم‌افزارهای ElliPro (http://tools.iedb.org/ellipro/) و DiscoTope (http://www.cbs.dtu.dk/services/DiscoTope/) تعیین شدند. یافته‌ها: دو اپی‌توپ فضایی توسط نرم‌افزار ElliPro (یکی در دُمین CH2 و دیگری مشترک بین دُمین‌های CH2 و CH3) و دو اپی‌توپ فضایی توسط نرم‌افزار DiscoTope که هر دو مشترک بین دُمین‌های CH2 و CH3 هستند در بخش Fc مولکول IgG انسان شناسایی شدند. نتیجه‌گیری: در این پژوهش تعدادی از اپی‌توپ‌های فضایی بخش Fc مولکول IgG انسان توسط دو نرم‌افزار ایمونوانفورماتیکی شناسایی شدند. اپی‌توپ‌های شناسایی‌شده توسط هر دو نرم‌افزار، در دُمین‌های CH2 و CH3 زنجیره سنگین مولکول IgG واقع شده‌اند.