نکاتی در مورد تشخیص ملکولی ویروس SARS-CoV-2 با استفاده از تکنیک Real-time PCR

Abstract

همه گیری سارس کروناویروس-2 در حال حاضر موضوع اصلی مورد بحث در جوامع علمی سراسر جهان است. با توجه به سرعت بالای انتقال این عفونت ویروسی و درگیری تمامی کشورهای جهان، لزوم اتخاذ تصمیمات اساسی به منظور کنترل انتشار این بیماری کشنده ویروسی ضروری به‌نظر می‌رسد. مهم‌ترین اقدام عملی در این خصوص قطع زنجیره انتقال عفونت بین افراد مبتلا و حساس جامعه می‌باشد که این امر نیازمند انجام سریع و صحیح تست‌های غربالگری عمومی و تایید آن‌ها بوسیله آزمایشات ملکولی جهت تشخیص قطعی و اختصاصی ویروس است. در مطالعه مروری حاضر به جنبه های مختلف تاثیرگذار در انجام تست ملکولی تشخیصی سارس کروناویروس-2 با استفاده از تکنیک Real-time PCR اشاره شده و راهکارهایی عملی به منظور انجام صحیح این تکنیک و برطرف نمودن خطاهای تکنیکی موثر در نتیجه آزمایش ارائه می‌گردد. علاوه بر این نگاهی اجمالی به فرایندهای قبل از آزمایش (نمونه گیری استاندارد، ارسال نمونه و استخراج ژنوم ویروس) که در نتیجه نهایی آزمایش نقش تعیین کننده‌ای دارند، خواهیم داشت. کیت‌های تجاری موجود عمدتاً از روش پروب TaqMan برای شناسایی ژن‌های مختلف ویروس (اکثراً E، N و RdRP) استفاده می‌کنند. همچنین، نمونه گیری نامناسب از طریق بررسی تکثیر یک ژن داخلی (معمولاً RNase P) بررسی می‌شود. اشکال اصلی در انجام تست Real-time PCR برای شناسایی کروناویروس سارس 2 و البته سایر عوامل عفونی به مرحله قبل از آزمایش باز می‌گردد که نمونه گیری ناصحیح ممکن است منجر به منفی کاذب گردد. همچنین، دوره بیماری در زمان نمونه گیری، ناحیه نمونه گیری، حمل و نقل نمونه، کیفیت کیت‌های استخراج و تشخیص، همگی در نتیجه نهایی آزمون تاثیرگذار هستند.