ارزیابی نقش کائوتروپها، شویندههای دو یونی خنثی، خنثی و بدون بار و باردار در انحلالپذیری پروتئوم اشک در فرآیند متمرکز کردن ایزوالکتریکی
چکیده
با‌توجه به تفاوت فاحش، در تعداد پروتیین‌های گزارش شده در نمایۀ دوبعدی پروتئوم اشک (97 تا 250 پروتیین)، و همچنین با در‌نظر‌گرفتن ناهمگون بودن محتوای پروتیینی این نمونه، تصور بر‌آن است که عدم انحلال صحیح، عاملی مهم در ناکارآمدی بررسی‌های الکتروفورتیک اشک باشد. بدیهی‌است که دستیابی به الگوی جداسازی مطلوب تنها در سایۀ حفظ حالت محلول پروتیین‌ها و جلوگیری از رسوب آن‌ها در مراحل مختلف، حاصل‌می‌گردد. متاسفانه علی‌رغم اینکه با افزایش برهمکنش‌های آبگریز، بین پروتیین‌های آلیفاتیک در نقطۀ ایزوالکتریک، احتمال رسوب پروتیین‌ها در ماتریکس ژل افزایش‌می‌یابد، به‌دلیل لزوم حفظ بار طبیعی پروتیین در بعد اول جداسازی، استفاده از شویندههای قوی یونی در این مرحله مجاز نمی‌باشد. در این‌جا با هدف افزایش تعداد پروتیین‌ها در نمایۀ دوبعدی، تأثیر کائوتروپها، شویندههای دو‌یونی خنثی، خنثی و بدون‌بار و باردار در انحلالپذیری پروتئوم اشک، در فرآیند متمرکز‌نمودن ایزوالکتریکی مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان‌دهندۀ از‌دست رفتن پروتیین‌ها در مراحل مختلف به‌واسطۀ رسوب در ماتریکس ژل و یا عدم بازگشت به فاز محلول در زمان آماده‌سازی و انحلال رسوب است. این بررسی همچنین نشان می‌دهد که شویندههای بدون بار همچون Triton¬X-100 و Tween¬80 در رفع این مشکل کاملا ناموفق هستند. شویندههای دو‌یونی خنثی همچون CHAPS و SB¬3-10 توانایی بیشتری برای حل محتوای هیدروفوب پروتیین‌های اشک داشته و الگوی مناسب‌تری را ارائه می‌دهند. در‌نهایت بیشترین میزان انحلالپذیری و بهترین الگوی جداسازی می‌تواند با استفاده از مخلوط اوره و تیوره در بافر بارگزاری و اعمال شویندۀ آنیونی SDS در مرحلۀ آماده‌سازی (با پروتکل ویژه‌ای که حذف کامل SDS و جایگزینی آن با CHAPS را تضمین کند) حاصل‌شود.
کلید واژگان
پروتئوم اشکمتمرکزسازی ایزوالکتریکی
الکتروفورز دوبعدی
محلول‌‌سازی
شوینده
کائوتروپ
شماره نشریه
2تاریخ نشر
2012-11-011391-08-11
ناشر
دانشگاه تربیت مدرسسازمان پدید آورنده
دانشجوی دکتری- دانشگاه تربیت مدرسعضو هیئت علمی دانشگاه تربیت مدرس
دانشیار و فوق تخصص قرنیه، تهران، دانشگاه علوم پزشکی بقیه الله (عج)، مرکز تحقیقات آسیب¬های شیمیایی، گروه چشم پزشکی
شاپا
2322-21152476-6917
