بررسی بیوانفورماتیکی اثر گیاه آویشن باغی در مهار آنزیم آلفا-گلوکوزیداز به‌منظور درمان بیماری دیابت

Abstract

مقدمه: مهارکننده‌های α-گلوکوزیداز با مداخله در هضم کربوهیدرات‌ها در کنترل بیماری دیابت نقش دارند. Thymus vulgaris یا آویشن باغی گیاهی از خانواده‌ی نعناعیان می‌باشد. اسانس این گیاه دارای فنل‌هایی مثل تیمول، کارواکرول، سیمن، لینا لول، پینن می‌باشد. هدف از این مطالعه، بررسی اثر مهار کنندگی مشتقات موجود در عصاره‌ی آویشن باغی بر فعالیت آنزیم α-گلوکوزیداز به روش داکینگ مولکولی می‌باشد. روش‌ها: در این مطالعه، برای بررسی نحوه‌ی اتصال ترکیبات به جایگاه فعال آنزیم، ترسیم ساختار شیمیایی ترکیبات، بهینه‌سازی انرژی، مطالعات داکینگ و تجزیه و تحلیل‌های نهایی به‌ترتیب از نرم‌افزارهایChemDraw ، Hyperchem، AutoDockTools، DS Visualizer و Lig plot استفاده شد. یافته‌ها: تمامی ترکیبات مورد مطالعه قادر به اشغال جایگاه فعال آنزیم بودند که در میان تمام آنها، بهترین نتایج داکینگ مربوط به ترکیب Caryophlla-4-(12), 8(13)-dien-5-β-ol است. در حقیقت این ترکیب دارای منفی‌ترین سطح انرژی اتصال، بالاترین تمایل برای اتصال به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال آنزیم و محل برهمکنش مشابه با مولکول کوکریستال است. نتیجه‌گیری: با توجه به اثر بخشی نسبتاً بالای ترکیبات عصاره‌ی گیاه در مطالعه‌ی بیوانفورماتیکی، برای بررسی‌های تکمیلی می‌توان اثر این ترکیبات گیاهی را در شرایط in vitro و in vivo مورد آنالیز قرار داد.