آنالیز نواحی تکراری چند ناحیه ای (MLVA) به منظور تیپ بندی سویه های سودوموناس آئروژینوزای عامل عفونت ادراری

Abstract

سابقه و هدف: سودوموناس آئروژینوزا یکی از شایع ترین عوامل عفونت­های ادراری در بیمارستان­ها می باشد. هدف از این مطالعه تعیین تیپ تعدادی از جدایه های بدست آمده از بیماران به روش MLVA به منظور رسیدن به یک الگوی ژنتیکی مشخص برای دسته بندی آنها می­باشد. مواد و روش ­ها: در این مطالعه 70 سویه سودموناس آئروژینوزا از نمونه ادراری بیماران در بیمارستان های تهران جمع آوری شد. برای بررسی ژنوتیپی بر اساس روش MLVA، ابتدا از نمونه ها استخراجDNA ژنومی انجام شد. سپس توالی های تکراری پشت سرهم (VNTR) موجود در ژنوم باکتری ها که درون نواحی ژنی MS-213، MS-214، MS-215، MS-217، MS-222، MS-223، MS-142 و MS-173 قرار داشتند، توسط پرایمرهای اختصاصی به روش PCR تکثیر شدند. پس از اطمینان از تکثیر ژن­های مورد نظر با استفاده از ژل الکتروفورز، ارتباط تکاملی و تیپ بندی آنها با روش MLVA بررسی شد. یافته ها: بعد از الکتروفورز محصول PCR و تعیین تعداد VNTRها، 70 سویه بدست آمده در 39 تیپ دسته بندی شده و نمودار درخت تکاملی ژنی رسم گردید. بر اساس الگوی MST، 70 سویه بالینی به 11 کمپلکس کلونال (clonal complex) تقسیم شدند که این معیار نشان دهنده فاصله ژنتیکی بر اساس اختلاف در تعداد VNTR در هر یک از گروه ها بود. نتیجه گیری: مطالعه حاضر نشان داد که MLVA یک روش موثر برای تیپ بندی سویه های بالینی سودوموناس آئروژینوزا می باشد. نتایج بدست آمده نشان دهنده پتانسیل بالای این روش در تمایز بین سویه هایی که از نظر فنوتیپی بسیار شبیه به یکدیگر بود، می باشد.