ارزیابی روش ذوب DNA مبتنی بر Real-time PCR جهت تشخیص انتروکوک فکالیس و انتروکوک فاسیوم در ایزوله های بالینی

Abstract

سابقه و هدف: کندی و خطای انسانی در روش های معمول جهت تشخیص دوگونه انتروکوک فکالیس و انتروکوک فاسیوم که جزء مهمترین گونه های بیماریزا در انسان می باشند، وجود روشهای دقیقتر را ضروری کرده است. هدف از این مطالعه طراحی روشی دقیق و سریع با استفاده از تکنیک ذوب DNA با روش Real Time PCR جهت شناسایی و تفکیک این دو گونه از یکدیگر در ایزوله های بالینی می باشد.

مواد و روش‌ها: در این مطالعه تجربی از ایزوله های موجود در بانک باکتریایی گروه میکروب شناسی دانشگاه علوم پزشکی همدان استفاده شد. طراحی پرایمرها با استفاده از نرم افزارهای اختصاصی و انتخاب ژن های divIVA برای تشخیص انتروکوک فکالیس وAlanine racemase برای تشخیص انتروکوک فاسیوم انجام شد. تشخیص ایزوله ها، با بکارگیری روش Real Time PCR و معیار قراردادن دمای ذوب DNA، مورد ارزیابی قرار گرفت.

یافته ها: حساسیت پرایمرهای طراحی شده برای ژنهای divIVA (اختصاصی انتروکوک فکالیس) و Alanine racemase (اختصاصی انتروکوک فاسیوم) CFU/ml 15 باکتری بودند. اختصاصیت پرایمرهای طراحی شده با استفاده از آنالیز منحنی ذوب دمایی جهت شناسایی انتروکوک فکالیس 76/6 درجه سانتی گراد و جهت شناسایی انتروکوک فاسیوم 80/93 درجه سانتی گراد بود که در مقایسه با ارگانیسم های دیگر اختلاف قابل توجهی را نشان داد.

نتیجه‌گیری: بر اساس این مطالعه، پرایمرهای طراحی شده دارای حساسیت و اختصاصیت مناسبی جهت تشخیص و افتراق گونه های انتروکوک فاسیوم و انتروکوک فکالیس بودند