به کار گیری روش High Resolution Melting در شناسایی چند شکلی‌های نوکلئوتیدی ژرم لاین ژن STK11 در مبتلایان به انواع سرطان‌های دستگاه گوارش

Abstract

سابقه و هدف: آنالیز HRM (High Resolution Melting) تکنیکی است که میزان کاهش فلورسنت را در طی فرایند شیب حرارتی ذوب DNA در اثر خروج رنگ اندازه‌گیری می‌نماید. ژن STK11 یکی از پروتئین‌های خانواده سرین- ترئونین کیناز سلولی را رمز می‌نماید که تنظیم کننده قطبیت سلولی بوده و هم‌چنین به عنوان پروتئین مهار کننده تومور عمل می‌نماید. موتاسیون‌های ژرم لاین در این ژن همراه با سندروم Peutz-Jeghers واستعداد ابتلاء به انواع نئوپلازی‌ها می‌باشند.روش بررسی: در این مطالعه تجربی، DNA ژنومی از 56 بیمار مبتلا به انواع سرطان‌های دستگاه گوارش استخراج گردید. سپس ما تغیرات نوکلئوتیدی را در تمام طول ژن با استفاده از تکنیک Real-time PCR و High(HRM) resolution melting بررسی نمودیم. یافته‌ها: غربالگری نوکلئوتیدی با تکنیک HRM دو نوع SNP در اینترون‌های 6 و 7 در 10 بیمار را نشان داد. 4 بیماردارای تغییر نوکلئوتیدی C/T [cluster id/dsSNP/rs9282860] در اینترون 6 به صورت هموزیگوس و شش بیمار دارای تغییر نوکلئوتیدی C/G [cluster id/dsSNP/rs2075607] در اینترون 7 بصورت هتروزیگوس بودند. همچنین مقایسه نتایج HRM با نتایج تعیین توالی یک مطابقت 100 درصدی را نشان داد. نتیجه‌گیری: هر چند در این مطالعه موتاسیونی در بخش اگزون ژن مشاهده نگردید، به هر حال نتایج این مطالعه نشان می‌دهد غربالگری اولیه ژن STK11هم برای شناسایی تغییرات نوکلئوتیدی ناشناخته ژرم لاین و هم سوماتیک در مبتلایان به نئوپلازی به منظور تشخیص علت بیماری از طریق روش HRM به سهولت و با هزینه نسبتا اندک قابل اجراء می‌باشد.