پیش‌بینی برهمکنش بین ترکیبات موجود در بره‌موم زنبور عسل و بخش آنتی‌ژن حفاظت‌کننده موجود در سم سیاه زخم با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک

Abstract

زمینه و هدف: آنتی‌ژن حفاظت‌کننده از بخش‌های ساختاری در یکی در سم سیاه زخم می‌باشد و پس از تاثیر سم برگیرنده سلولی، نقش مهمی در بیماری‌زایی سم ایفا می‌کند. هدف از این مطالعه بررسی برهمکنش بیوانفورماتیکی آنتی‌ژن حفاظت‌کننده سیاه زخم و چهار ترکیب مهم موجود در بره‌موم زنبور عسل شامل کافئیک اسید، ﺑﻨﺰیﻞ کافئات، سینامیک اسید و کامپفرول با استفاده از نرم‌افزارها و وبگاه‌های بیوانفورماتیکی بود.

روش بررسی: این پژوهش با استفاده از الگوریتم‌های مختلف موجود در پایگاه‌های بیوانفورماتیکی در سال 1393 در دانشگاه علوم پزشکی اصفهان و دانشگاه آزاد اسلامی واحد خوراسگان انجام گرفت. برهمکنش گیرنده با هر کدام از لیگاندها، با استفاده از وب سرورهای SwissDock (http://www.swissdock.ch/) و BSP-SLIM (http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/BSP-SLIM/) به‌دست آمد. نتایج داکینگ (Docking) به‌صورت عدد بر حسب کیلوکالری بر مول (kcal/mol) مشخص شد.

یافته‌ها: بررسی برهمکنش ترکیبات موجود در بره‌موم و آنتی‌ژن خفاظت‌کننده با استفاده از سرور BSP-SLIM نشان داد که بیشترین برهمکنش به‌ترتیب مربوط به ترکیبات کافئیک اسید، ﺑﻨﺰیﻞ کافئات، سینامیک اسید و کامپفرول بود. نتایج مربوط به برهمکنش لیگاندهای مورد نظر و آنتی‌ژن حفاظت‌کننده با استفاده از سرور SwissDock نشان داد که ترکیب کافئیک اسید، ΔG برابر با kcal/mol 10/9 و FullFitness برابر با kcal/mol 16/993 داشت. بررسی و تحلیل برهمکنش لیگاندها با آمینواسیدهای وآنتی‌ژن حفاظت‌کننده نشان داد که بیشترین برهمکنش در ترکیب کافئیک اسید مربوط به اسید آمینه گلوتامیک اسید 117 با انرژی برابر با kcal/mol 5429/15 بود.

نتیجه‌گیری: گلوتامیک اسید 117 در اتصال آنتی‌ژن حفاظت‌کننده و گیرنده سلولی آن و در پی آن بیماری‌زایی سم تاثیر چشمگیری دارد.