طراحی پرایمرهای اختصاصی برای نشان دادن ژن‌های exoA، oprL و algD برای تشخیص سریع سویه‌های سودوموناس آئروژینوزا در نمونه‌های بالینی

Abstract

زمینه و هدف: تشخیص سریع سودوموناس آئروژینوزا در سیستیک فیبروزیس، سوختگی‌ها و بیماران با نقص ایمنی از اهمیت بسیاری برخوردار است. در این بررسی فراوانی وجود ژن‌‌های exoA، oprL و algD با استفاده از پرایمرهای منتشر شده در مقالات و نیز پرایمرهای اختصاصی طراحی شده در این تحقیق با روش PCR مورد بررسی قرار گرفت.روش بررسی: نمونه‌های بالینی برای جداسازی سودوموناس آئروژینوزا در محیط‌های باکتریولوژیک کشت داده شد. با روش آنالیز بیوانفورماتیکی برای نواحی بسیار ثابت ژن‌های فوق پرایمرهای اختصاصی طراحی شد. با استفاده از پرایمرهای طراحی شده و پرایمرهای منتشر شده در مقالات، نمونه‌ها به‌طور مستقیم با PCR مورد بررسی قرار گرفت.یافته‌ها: تعداد 70 سویه سودوموناس آئروژینوزا در کشت نمونه‌ها جدا شد. با به‌کارگیری پرایمرهای طراحی شده نتایج مثبت PCR به‌ترتیب برای ژن‌های exoA، oprL و algD در 68، 70 و 69 نمونه‌ها به‌دست آمد که حساسیت به‌ترتیب 2/97%، 100% و 6/98% به دست آمد. در صورتی که با پرایمرهای منتشر شده نتایج مثبت به‌ترتیب برای ژن‌های فوق در 57، 49 و 28 نمونه به‌دست آمد که حساسیت به‌ترتیب 5/81%، 70% و 40% محاسبه شد.نتیجه‌گیری: نتایج این تحقیق نشان داد که با به‌کارگیری پرایمرهای اختصاصی مناسب در تکنیک PCR معمولی می‌توان با حساسیت و ویژگی بسیار بالا کلونیزاسیون سودوموناس آئروژینوزا در بیماران حساس مانند سیستیک فیبروزیس خیلی زودتر از مثبت شدن کشت نشان داد.